После того как 9 апреля 1948 г. отряды Хаганы вырезали арабское население посёлка Дейр-Ясин (более 250 женщин и детей) и изгнали арабских жителей из посёлка Айн-Карем, большинство горненских монахинь (до ста человек) покинули монастырь и ушли в Елеонский монастырь. Большая часть из них не вернулись в Горненский монастырь, оставшись в Елеонском монастыре из-за нежелания переходить в юрисдикцию Московского патриархата. С 1951 г. монастырь сделался местопребыванием начальников Русской духовной миссии (в юрисдикции Русской православной церкви за границей). Это привело к перенаселённости Елеонского монастыря, оставшегося в юрисдикции Русской православной церкви за границей. После начала первой арабо-израильской войны у подножия Елеонской горы иорданские войска установили дальнобойные орудия и обстреливали из них еврейскую часть Иерусалима. Командование иорданской армии планировало разместить в Елеонском монастыре танки, а на колокольне – военную сигнализацию, что грозило разрушением обители в случае продолжения военных действий. Только энергичные действия настоятельницы Елеонского монастыря схиигуменьи Антонии помешали осуществлению этого плана. В 1958 г. в Елеонском монастыре было отпраздновано 100-летие Русской духовной миссии. На торжествах присутствовал король Иордании Хусейн. Во время шестидневной арабо-израильской войны в мае 1967 г. монастырь пострадал от обстрела, была убита вратарница обители монахиня Евлалия. При игуменьи Тамаре в Елеонском монастыре была открыта небольшая больница для лечения немощных и престарелых сестёр. В 1973 г. на крыше колокольни был произведён ремонт, в 2001 г. установлена новая лестница, привезённая из Германии. В настоящее время в обители подвизается около сорока насельниц, половина из них – православные арабки. Настоятельницы Елеонского монастыря: монахиня Евпраксия (Миловидова; 1906–1914 гг.), Елисавета (1919–1929 гг.), Павла (Клюева, в схиме Антония; 1929–1934 гг.; 1944–1951 гг.), Мелания (Ненюкова; 1934–1944 гг.), Тамара (княжна Татьяна Константиновна Романова, дочь великого князя Константина Константиновича; 1951–1975 гг., ум. в 1979 г.), Феодосия (Баранова; 1975–1984 гг.), Параскева (Зильберкрейн; 1984–1989 гг., ум. в 1995 г.), Варвара (Эпова; 1989–1993 гг.), Иулиания (1993–1997 гг.), Моисея (Бубнова; с 1997 г.). Из духовников Елеонского монастыря наиболее почитаем игумен Парфений (Нарциссов Пармен Тимофеевич; ум. 15 января 1909 г.), в 15 лет ставший послушником Данковского монастыря. В 1879 г. в сане иеромонаха он впервые посетил Иерусалим, с 1886 г. совершал богослужения на Елеоне. Много потрудился над разведением сада на Елеонской горе. В самой южной части елеонского участка своими руками выкопал для уединённой молитвы пещеру, сохранившуюся до сих пор. С 1906 г. о. Парфений – духовник женской Елеонской общины. Похоронен у Вознесенского храма рядом с архимандритом Антонином. Другие духовники: архимандрит Модест (Шут Мина Евфимович; ум. 16 августа 1984 г.), постриженик новоафонского Симоно-Кананитского монастыря, в эмиграции служивший в Китае и бывший помощником Иоанна Шанхайского; архимандрит Димитрий (Биакай; ум. 21 августа 1985 г.), постриженик Киево-Печерской лавры, служивший настоятелем храма Николая Чудотворца в Штутгарте (Германия), с 1950 г. – начальник Русской духовной миссии.