Дом построен на восточной оконечности выровненной платформы, за которой начинается восточный склон Елеонской горы. Перед ним находятся остатки трёх римских колонн жёлтого мрамора. На первом этаже сохранились мозаики, самая большая из них (7,35х3,5 м) – часть обширного мозаичного ковра (8,5х10 м) с изображениями агнца, фазана, утки, рыб и двойных кистей винограда. Под зданием находится подземная гробница, разделённая узким коридором на две неравные части: слева, на нижнем уровне, – шесть ниш для шести тел; справа, на верхнем уровне, – шесть меньших ниш, использовавшихся, как полагают исследователи, как оссуарии (гробницу, относящуюся к ранневизантийскому времени, исследователям трудно точно датировать). К востоку от музея лестница из 30 ступеней ведёт в большую двухкамерную пещеру, в одной из камер которой также сохранилась мозаика (100х72 см) с армянской надписью: «Молитвами святого Исаии и преподобных отцов, я, Ваган, создал это в память ради прощения грехов». Тот факт, что контуры рисунка прослеживаются на надписи, свидетельствует о том, что и в этом случае армянская надпись была вставлена позже. «Вся пещера до пяти сажён длиною была наполнена человеческими костями... Не был ли это монастырский склеп Исаии с братией, заделанный и увековеченный надписью каким-то благочестивым Ваганом?.. Через несколько времени вся эта масса человеческих костей под влиянием кислорода воздуха стала тлеть и превратилась в тончайшую пыль. Тогда можно было заметить, что весь пол пещеры был разделён низенькими перегородками на 16 отделений разной величины». Исследователям трудно сказать, сообщались ли между собой главное здание и описанная пещера, т.к. строительные работы сделали невозможным дальнейшее археологическое исследование. Отмечают только, что уровень пещеры на 5 м ниже, чем пол с мозаиками в архимандритском доме. После возведения дома архимандрит Антонин решил выровнять место, прилегающее к его восточной стене. «При расчистке около самой стены дома случайно напали на 16 каменных гробов, стоящих поверх земли, в виде четырёх групп, с крестообразным проходом между ними. Гробы эти были плотно закрыты каменными плитами и тщательно замазаны известью. Некоторые из них, у южной стороны прохода, оказались повреждёнными и пустыми, но северные остались нетронутыми и заключали покойников. Над всем этим склепом заметны были остатки сводов, которые о. Архимандрит реставрировал и дополнил новыми. Сверху он покрыл всё террасою, которая плотно примкнула к восточной стене дома». Архимандритом Антонином был найден фрагмент большой белой мозаики с двумя чёрными овалами и греческой надписью: «Феодосия, славнейшая кувикулария» (в настоящее время находящийся в доме игуменьи, в её келье-кабинете). По предположению Е.С. Лукьяновой, речь идёт о кувикуларии (постельничей) супруги императора Феодосия II Евдокии, и на месте, где была найдена надпись, находился дом императрицы. В эпитафии на плите, хранящейся в музее Елеонского монастыря, тоже встречается имя Феодосии, но оно относится к другому лицу и датируется 592 г.