«При дальнейшей расчистке найденной мозаики была открыта другая, плотно прилегавшая к первой, гораздо проще её, в виде параллелограммов по белому полю и не такой тщательной отделки. Для сохранения их обеих о. Архимандрит решил защитить их крышей. Г-жа Кадышева согласилась даже участвовать своими средствами в этом деле, но с тем, однако, условием, чтобы сделать предполагаемую постройку в виде домика, где бы могла жить сама г-жа Кадышева во время своих приездов в Иерусалим. Для этого она предложила спроектировать домик в два этажа, устроить наверху жилое помещение, а внизу над большой мозаикой – церковь. При этом она желала, чтобы квартира её выходила в церковь в виде хор: алтарь же следовало, по её предположению, выдвинуть к востоку от мозаики и сделать в два света, чтобы крыша над алтарём и домом была общая. Такой фантастический проект, конечно, не мог быть одобрен о. Архимандритом, и он убедил г-жу Кадышеву видоизменить его. Тогда они согласились выстроить обыкновенный дом в два этажа, верхний отдать в распоряжение г-жи Кадышевой, а нижний с мозаикой – для отдохновения случайных посетителей». Произведя археологическую разведку вокруг находящегося на участке почитаемого «камня Богородицы» (места, на котором, по преданию, стояла Матерь Божья во время Вознесения), архимандрит Антонин нашёл «кучи золотой мозаики и множество кусков белого мрамора», а также основания двух колонн V–VI вв. Стало ясно, что именно здесь располагался в византийское время соборный храм женской обители, разрушенный в 614 г. персидским нашествием. Тогда на Елеонской горе было найдено более 1,2 тыс. трупов, были вырезаны монахини монастыря, руины которого обнаружил архимандрит Антонин. На месте византийской базилики он начал возведение нового храма. Строительство затянулось на долгие годы. В 1876 г., когда стены были уже подняты на сажень, его пришлось прекратить за отсутствием средств. Потом разразилась Русско-турецкая война 1877–1878 гг. Архимандрит Антонин и вся Русская духовная миссия были вынуждены покинуть Палестину. После возвращения архимандрит продолжил строительство. В 1881 г., по данным дневника, храм уже был завершён, и архимандрит Антонин заботился о его внешнем и внутреннем убранстве. Так, в дневнике от 13 февраля 1881 г. есть запись: «Приехал московский Никола с елеонскими колоколами». Неделю спустя: «Добряк Рындин ещё принес 90 рублей на Елеонскую церковь». Особо важной исследователи считают запись в дневнике, датируемую четвергом, 13 марта: «За окном шум непогодный. 12 часов (ночи). Черчение будущего иконостаса Елеонского, целомраморного, длившееся часа до третьего». 5 февраля 1886 г.: «Черчение плана нижнего яруса Елеонской колокольни для Н. Ф. Фан-дер-Флита» (Николая Фёдоровича). Приведённые записи доказывают прямое участие (если не авторство) архимандрита Антонина в проектировании как храмов и колоколен основанных им монастырей, так и их внутреннего убранства. Непосредственными исполнителями его архитектурных идей на Елеоне стали мастера-итальянцы.