Послушавшись совета Епифания Кипрского, Атарвий пришёл к Руфину с требованием подписать осуждение учений Оригена, однако Руфин отказался его принять. Тогда Атарвий отправился к Иерониму, жившему неподалёку в монастыре в Вифлееме и также подозревавшемуся в симпатиях к Оригену из-за дружбы с Руфином (тот, чтобы угодить Епифанию Кипрскому, согласился подписать это осуждение). Весной 393 г. (по другим данным, в середине сентября 393 г.) Епифаний Кипрский вместе со многими епископами торжественно прибыл в Иерусалим на праздник Пасхи (или обновления храма Гроба Господня, если принять вторую датировку, которая не учитывает сообщение Иеронима о длившейся тогда Четыредесятнице). Когда Иоанн Иерусалимский пригласил Епифания Кипрского произнести проповедь на утрене в Вербное воскресенье, тот выступил с длинной речью, в которой осудил ересь Оригена и тех, кто ему следует. Все присутствовавшие, зная симпатии Иоанна к Оригену, поняли, что речь идёт о нём. В свою очередь, Иоанн произнёс на литургии проповедь против «антропоморфитов», как тогда называли противников Оригена среди египетского и палестинского монашества. Эта проповедь, очевидно, была направлена и против Епифания Кипрского. Однако Епифаний Кипрский, согласившись с осуждением ереси антропоморфитов, попросил Иоанна осудить и превратные учения Оригена, но тот промолчал. Так между Иоанном Иерусалимским и Епифанием Кипрским началась открытая полемика по вопросу об учении Оригена. Епифаний Кипрский остался в Иерусалиме в надежде добиться у присутствовавших епископов осуждения Иоанна. Под их давлением в один из последующих дней Иоанн был вынужден публично произнести длинное исповедание веры. Этого оказалось достаточно: Епифаний Кипрский, которого попросили вынести суждение, не нашёл в этом исповедании ничего предосудительного. Смирившись с временным поражением, он покинул город. Однако, видя, что ему не успеть добраться до монастыря в Бесандуке засветло, остановился на ночь у Иеронима в Вифлеемском монастыре. Узнав о происшедшем, Иероним не захотел навлечь на себя неудовольствие Иоанна Иерусалимского, если он открыто заявит о себе как о союзнике его врага. Поэтому он попытался убедить Епифания Кипрского поскорее вернуться в Иерусалим и примириться с Иоанном. Но Епифаний Кипрский отказался и в ту же ночь отправился в Бесандуку, а затем вернулся на Кипр. Весной 394 г., когда Епифаний Кипрский вновь прибыл в Бесандуку, Иероним отправил к нему своего брата Павлиниана и нескольких диаконов, чтобы принести ему извинения и просить его рукоположить Павлиниана во пресвитера. Епифаний Кипрский без колебаний рукоположил его сначала во диакона, а затем и во пресвитера, приняв меры предосторожности, чтобы совершить рукоположение вне пределов юрисдикции Иоанна Иерусалимского. Однако тот, узнав об этом, посчитал, что были ущемлены его епископские права, поскольку Павлиниан был рукоположён для монастыря в Вифлееме, входившего в юрисдикцию епископа Иерусалимского. Когда клирики Епифания Кипрского пришли к Иоанну, чтобы оповестить его об этом, он разгневался, стал угрожать, что раструбит об этом «до крайних пределов земли», т.е. до Рима, и отлучил от церкви Павлиниана и монахов его монастыря, а также Иеронима.