Несмотря на то, что Мелетий сразу после рукоположения присоединился к партии никейцев, а затем на Антиохийском соборе 363 г. признал «единосущие», Епифаний Кипрский, взойдя на кафедру, отказался установить с ним общение. Он ставил Мелетию в упрёк общение с пневматомахами и считал его полуарианином. Две другие антиохийские партии искали общения с новым архиепископом Кипрским. Первая, остававшаяся верной строгому никейцу Евстафию, епископу Антиохийскому, скончавшемуся в ссылке, возглавлялась Павлином, рукоположённым во епископа Антиохийского Луцифером Каралитанским в 362 г. Вторая партия, отделившаяся от партии Мелетия под влиянием епископа Аполлинария (младшего) Лаодикийского, возглавлялась пресвитером Виталием (впоследствии Виталий I, епископ Антиохийский). Поддерживаемый Аполлинарием, Виталий отказался примкнуть к Павлину, которого он обвинял в савеллианстве. В свою очередь, Павлин нападал на учение Аполлинария о Воплощении, противоречившее учению Евстафия Антиохийского. Епифаний Кипрский столкнулся с ересью Аполлинария в 370 г., когда его сторонники прибыли на Кипр и, ссылаясь на авторитет учителя, стали распространять там неправославные учения. Епифанию Кипрскому пришлось созвать поместный Собор, на котором заблуждения сторонников Аполлинария были осуждены, хотя сам Епифаний Кипрский сомневался, что источником столь нелепых заблуждений мог быть Аполлинарий. Епифаний Кипрский сообщает, что он неоднократно принимал у себя посланников Виталия и, несомненно, епископа Павлина, после чего решил сам отправиться в Антиохию и нанести визит им обоим. Когда в 376 г. Епифаний Кипрский прибыл в Антиохию, Павлин показал ему экземпляр «Свитка к антиохийцам», принятого Александрийским собором 362 г. и подписанного рукой Афанасия, а внизу стояла подпись епископа Павлина. Незадолго до этого в Антиохию пришло письмо от Римского епископа Дамаса I, в котором он поддерживал епископа Павлина и призывал сторонников Виталия объединиться с ним. Исходя из сложившегося положения, Епифаний Кипрский установил полное церковное общение с епископом Павлином, а также попытался убедить Виталия присоединиться к епископу Павлину, но не добился в этом успеха. Как полагают исследователи, именно тогда Виталий был рукоположён Аполлинарием Лаодикийским во епископа Антиохийского и со своими приверженцами учинил ещё один церковный раскол. Начиная с этого времени Епифаний Кипрский стал одним из основных сторонников епископа Павлина Антиохийского на Востоке. Вскоре после возвращения на Кипр в 377 г. Епифаний Кипрский для прекращения антиохийского раскола попытался склонить на сторону епископа Павлина одного из главных сторонников Мелетия Антиохийского – Василия Великого. Епифаний Кипрский написал ему послание (текст полностью не сохранился, но о его содержании говорят фрагмент в сирийском переводе, и ответное послание Василия), в котором Епифаний Кипрский убеждал Василия для восстановления единства Антиохийской церкви написать письмо сторонникам Павлина, с которым сам Епифаний Кипрский недавно установил общение. Он полагал, что если добьётся у Василия поддержки епископа Павлина, то можно будет оказать существенное давление на две остальные антиохийские партии, чтобы восстановить церковное единство.