Через отверстие в надгробии можно было видеть гроб Евфросина, вместо крышки засыпанный песком, который считался чудодейственным (отверстие было заколочено по распоряжению священника Григория Яковцевского около 1900 г.). В 1913 г., после канонизации Евфросина, для мощей святого была устроена новая бронзовая рака, стоявшая в часовне под колокольней. Богослужение в Троицко-Благовещенской церкви совершалось до 1933 г. В том же году, после закрытия храма, рака с мощами Евфросина поступила в Устюженский краеведческий музей. В 1936 г. мощи Евфросина были вскрыты, некоторое время выставлялись в антирелигиозной экспозиции музея, затем хранились в фондах, в 1954 г. рака 1913 г. была сдана в металлолом. 14 июня 1991 г. мощи Евфросина были переданы Русской церкви, ныне почивают в приделе во имя свщенномученика Антипы в Казанской церкви Устюжны в раке 1799 г. К середине XVII в. были составлены два тропаря и кондак Евфросину, помещённые в конце Жития святого, в тропаре отмечается нетленность мощей преподобномученика. Имя Евфросина встречается в рукописных святцах, внесено в «Описание о российских святых» (известно в списках XVIII–XIX вв.), Евфросин назван «начальником обители святаго апостола Иоанна Богослова» (церковь во имя апостола Иоанна Богослова была возведена в пустыни в 1682 г.). После возобновления в 1619 г. Синозерский монастырь получал многочисленные вклады, что, как полагают исследователи, было связано с широко распространившимся почитанием Евфросина. В 1636 г. обитель по царской грамоте была наделена землёй вдоль реки Чагодощи, о земельных пожалованиях монастырю сообщают грамоты царей Алексея Михайловича и Фёдора Алексеевича. Алексей Михайлович пожертвовал в монастырь колокол, о чём сообщала надпись на нём. Во второй половине XVII в. в Синозерскую пустынь делали вклады представители московской и местной знати – князья Черкасские, Волконские, бояре Морозовы, Нарышкины, Пушкины, стольники Леонтьев, Львов, Дашков, местные дворяне Ушаковы, Булгаковы, Батюшковы, царские духовники протопопы Стефан Вонифатьев и Меркурий Гаврилов. В обители с 1635/1636 по 1700 гг. велась вкладная книга (до середины XIX в. хранилась в Троицко-Благовещенской церкви, впоследствии была утрачена). Упразднение Синозерского монастыря стало причиной упадка почитания Евфросина. В 1778 г. новгородское епархиальное начальство запрашивало священника Троицко-Благовещенской церкви Прокопия Иванова о том, «как положены мощи» Евфросина и «в котором месяце и числе исправляют празднество». На это последовал ответ, что празднество святому не исправляется, а служатся панихиды по просьбе прихожан. В 1847 г. священник церкви в селе Долоцком Евфимий, исцелившийся по молитве к Евфросину, составил молитву преподобномученику.