Издав «Новый вариант Жития св. Нино» (Тбилиси, 1891 г.), Евфимий в предисловии затронул вопрос о времени создания так называемого Шатбердского сборника и содержащейся в нём версии Жития св. Нины. Он установил, что наиболее ранняя из известных на тот момент версия Жития в «Картлис Цховреба» – переработка древней редакции из Шатбердского сборника. В 1893 г. Евфимий опубликовал «Ещё один из источников “Истории Грузии” царевича Вахушти – гуджар Баратовых из Бетании» и «Сигель (грамоту) грузинского царя Баграта IV (1027–1072)», в 1895 г. обнаружил и издал значительный памятник древнегрузинской литературы «Мудрость Балавара»; в 1899 г. был опубликован найденный им сборник «Бакариани», в 1903 г. – сборник басен «Тисмариани». В 1889 г. Д.З. Бакрадзе и Евфимий перевезли из мцхетского кафедрального собора Светицховели в основанный ими в 1888 г. Церковный музей первые экспонаты – 58 древних рукописей и 50 сигель-гуджаров (грамот). Евфимий и в дальнейшем пополнял фонды музея обнаруженными им в разных уголках Грузии материалами (ныне архив хранится в Национальном центре рукописей в Грузии), расширял и библиотеку Отдела рукописей Грузии. Особое значение для картвелологии имел изданный Евфимием в 1902–1912 гг. труд «Описание рукописей библиотеки Общества распространения грамотности среди грузинского населения». Высокую оценку публикации и исследованию дали Иван Александрович Джавахишвили и Н.Я. Марр. За эту работу Евфимий по представлению Н.Я. Марра был удостоен Большой золотой медали первой степени Российской Академии Наук (1907 г.). Одна из книг «Описания...» посвящена рукописям «Картлис Цховреба». Евфимий, чьё имя для Н.Я. Марра являлось «гарантией тщательности воспроизведения текстов и вообще работы», рассмотрел все известные к тому моменту своды летописи и произвёл их сравнительный анализ; в 1906 г. опубликовал итоговую работу «Картлис Цховреба: вариант царицы Мариам». В 1908 г. Евфимий обнаружил и в 1920 г. издал памятник грузинского права времён царя Георгия V Блистательного (1314–1346 гг.) «Распорядок царского двора», а также рукописи «Витязя в тигровой шкуре» Шота Руставели. В 1907 и 1917 гг. организовал экспедиции в Тао-Кларджети, Шавшети, Кола-Артаани и описал такие архитектурные памятники, как Ошки, Бана, Хандзта, Хахул и др. В 1907 г. по его инициативе было создано Историко-этнографическое общество Грузии, председателем которого он был до 1922 г. В течение ряда лет общество было единственным академическим учреждением, занимавшимся собиранием, хранением и изучением грузинских исторических, литературных, этнографических, археологических и антропологических памятников; организовывало экспедиции, публичные лекции, диспуты, выставки. Материалы и исследования членов общества выходили под редакцией Евфимия в серийных изданиях «Древняя Грузия» (1909–1915 гг.) и «Грузинские древности» (1899–1910 гг.).