14 июля 1927 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя РПЦ митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и Временный Священный Синод РПЦ издали указ на имя Евлогия с требованием прислать обязательства не допускать в своей общественной деятельности ничего, что можно было истолковать как нелояльность к советскому правительству. В случае непринятия этого обязательства или нарушения его духовенство подлежало увольнению из состава клира Московской патриархии. О решении исполнить эти требования Евлогий заявил в Слове за литургией 4 сентября, отметив жёсткость обращённого к нему призыва. В письме митрополиту Сергию от 12 сентября он разъяснил, что «принадлежность к Русской Православной Церкви не может служить основанием для предъявления к нам, эмигрантам, требования «лояльности», т.е. законопослушности по отношению к Советской власти» как не являющимся гражданами или жителями СССР. Он писал, что обязывается «не допускать, чтобы в подведомственных мне храмах церковный амвон обращался в политическую трибуну». Вместе с Евлогием соответствующие обязательства подписали его викарные епископы и большинство приходского духовенства, несколько настоятелей приходов вместе с паствой перешли в юрисдикцию Синода РПЦЗ. 9 сентября 1927 г. Синод РПЦЗ в Сремски-Карловци категорически отказался исполнять требование митрополита Сергия дать подписку о лояльности к советской власти. Глава Синода митрополит Антоний (Храповицкий) объявил митрополитов Сергия и Евлогия «отпавшими от церковного единства и связавшимися с врагами Христа и святой Церкви». Для управления русскими приходами во Франции, которые отделились от Евлогия, Синод РПЦЗ назначил в Париже епархиальным архиереем архиепископа Серафима (Лукьянова), в постоянном противостоянии с которым Евлогий впоследствии находился. 9 мая 1928 г. митрополит Сергий и Временный Священный Синод РПЦ подтвердили каноническое право Евлогия продолжать установленное патриархом Тихоном возглавление западноевропейских приходов РПЦ. Все определения Синода РПЦЗ, направленные против Евлогия, признавались не имеющими канонической силы. Евлогий активно занимался устроением церковной жизни в православных приходах в европейских странах: Франции, Великобритании, Германии, Италии, Бельгии, Нидерландах, Швейцарии, Австрии, Швеции, Дании, Чехословакии. Значительное число русских верующих пребывало во Франции. К моменту назначения Евлогия главой западноевропейских приходов во Франции насчитывалось лишь шесть русских церквей, главной из которых являлся парижский храм Александра Невского. В 1925 г. на приобретённом в Париже на пожертвования земельном участке была освящена церковь Сергия Радонежского, вокруг которой возникло Сергиевское подворье. Начал работу Православный богословский институт преподобного Сергия Радонежского, ставший крупнейшим центром русского духовного образования, деятельность которого тесно связана с именем Евлогия. Он являлся членом Учредительного комитета и ректором Богословского института, в котором преподавал цвет русской науки в эмиграции – Антон Владимирович Карташёв, Георгий Петрович Федотов, протоиерей Сергий Булгаков и др.