После образования при содействии властей обновленческого Высшего церковного управления (ВЦУ) выступил 19 мая 1922 г. с открытым письмом, выражая солидарность с «прогрессивной группой духовенства», и обвинил патриарха Тихона в «разрушении Церкви». 16 июня заявил о признании ВЦУ канонической законной церковной властью, подписав «Меморандум трёх» вместе с вернувшимися вскоре в каноническую церковь Владимирским митрополитом Сергием (Страгородским; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) и Костромским архиепископом Серафимом (Мещеряковым). В обострившемся в августе 1922 г. среди обновленцев противоборства провозглашённого «митрополитом Московским» главы ВЦУ бывшего епископа Антонина (Грановского) с группой «Живая церковь» занимал осторожную позицию, заявил о создании собственной организации. В октябре вошёл в реорганизованное ВЦУ в качестве одного из заместителей Антонина, был возведён в сан «митрополита». 2 ноября назначен в обновленческую Одесскую и Херсонскую епархию. 31 марта 1923 г. прибыл в Вятку, чтобы убедить управляющего Вятской епархией Яранского епископа Сергия (Корнеева) признать ВЦУ. 13 апреля переведён на Вятскую кафедру, вскоре назначение было отменено. В мае 1923 г. был участником обновленческого «второго поместного Собора», но прибыл на него уже после принятия основных решений и не подписал документ о низложении и об извержении из сана патриарха Тихона. После смещения 24 июня Антонина с поста председателя Высшего церковного совета (бывшего ВЦУ) избран на его место. Прибыл в Москву 20 июля, задержавшись с переездом из Одессы по рекомендации начальника шестого отделения Секретного отдела ОГПУ Евгения Александровича Тучкова. 8 августа 1923 г. Высший церковный совет, который возглавлял Евдоким, был переименован в «Священный Синод Российской Православной Церкви», все ранее существовавшие самостоятельные обновленческие группировки упразднялись. Евдоким заявлял о желании «примирения» с патриаршей церковью, но в действительности предложение обновленцев было инспирированной ОГПУ провокацией, имевшей целью представить участвовавших в переговорах архиереев канонической церкви как сторонников соглашения с обновленцами на их условиях. На встрече с представителями патриарха 26 августа 1923 г. Евдоким потребовал отречения Тихона, сторонники патриарха отказались от обсуждения этого вопроса. Тем не менее, через советские газеты Евдоким заявил, что близкие соратники патриарха желают его удаления. Узнав об этих выступлениях Евдокима, Тихон, по свидетельству протоиерея Василия Петровича Виноградова, сказал: «Так я и предполагал обман: от Евдокима другого и ожидать было нельзя».