На скорейшем удалении Евдокима из Москвы настаивал Московский митрополит Владимир (Богоявленский). Не сложились отношения Евдокима и с Тульским архиепископом Парфением (Левицким), который, как писал архиепископ Арсений (Стадницкий), неоднократно просил убрать от него «невозможного» викария. Продолжить карьеру Евдокиму, по отзывам современников, помогло только покровительство обер-прокурора Синода Владимира Карловича Саблера. 29 июля 1914 г. Евдоким был возведён в сан архиепископа и назначен на Алеутскую и Североамериканскую кафедру с местопребыванием в Нью-Йорке. В 1917 г. вернулся в Россию, участвовал в Поместном Соборе Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., был председателем Отдела о соединении церквей. 18 марта 1918 г. назначен временно управляющим Костромской епархией. В Костроме еженедельно проводил пастырские беседы в кафедральном соборе, читал проповеди о творимом большевиками насилии над верующими. Известил Собор о расстреле большой группы костромских священнослужителей и мирян, в том числе священномучеников протоиерея Иосифа Смирнова, священника Владимира Стефановича Ильинского и дьякона Иоанна Касторского. На короткое время подвергался аресту. 21 октября 1918 г. Евдокиму было поручено временное управление Нижегородской епархией. 18 ноября он был официально назначен правящим архиереем. Прибыл в Нижний Новгород через три недели после казни ранее управлявшего епархией Балахнинского епископа Лаврентия (Князева, ум. 6 ноября 1918 г.). Сразу обратился к председателю Нижегородского губисполкома с предложением о сотрудничестве, обещая «вести церковный корабль по-американски, где... уже давно Церковь отделена от государства». Идя навстречу пожеланиям властей, Евдоким согласился на официальное закрытие всех монастырей вне Нижнего Новгорода (обители формально были преобразованы в сельхозартели). Организованный архиереем епархиальный совет ставил целью «согласование правил церковных и требований церковной власти с декретами Совнаркома, касающимися Церкви и религиозных общин». В декабре 1919 г. совет принял резолюцию «о подчинении Советской власти не за страх, а за совесть». Евдоким много выступал с проповедями, читал лекции, организовал открытые пастырские курсы и кружок христианской молодёжи. Он умел растрогать и расположить к себе людей, но в то же время смущал верующих своим явно немонашеским поведением. Евдоким высоко оценивал свои успехи в устроении отношений между церковью и местными гражданскими властями: «Мы переживаем глубокий мир в Нижегородской епархии. Многие говорят, что в прежнее, дореволюционное время так хорошо не жилось в епархии, как живётся в настоящее время». Но многочисленные обращения верующих, в которых сообщалось о закрытии храмов, об изгнании священников из своих домов, оставлялись правящим архиереем без внимания. Евдоким поддержал политику властей во время кампании по изъятию церковных ценностей.