В 1788 г. на базе Славяно-греко-латинской семинарии в Александро-Невском монастыре была создана Главная семинария, призванная готовить преподавателей для духовных школ. Для поднятия авторитета духовенства указами 1767 и 1771 гг. «духовным командам» было запрещено применять телесные наказания при допросах священников и диаконов (телесные наказания по судебным приговорам сохранились). Продолжая политику Елизаветы Петровны и Петра III, Екатерина II стремилась включить старообрядцев в формирующееся гражданское общество. К началу 1760 гг. сложились центры старообрядчества: Поморье, Стародубье, Керженец, Иргиз. Главным центром в этот период стала Москва, где существовали крупные общины беглопоповцев, а также беспоповцев: федосеевцев, поморцев и филипповцев. Кроме того, немало старообрядцев оставалось на Ветке в Речи Посполитой. С 1762 г. Екатерина II предлагала им вернуться в Россию и поселиться в любом месте, но желающих почти не нашлось. В 1764 г. на Ветку были посланы войска, более 20 тыс. беспоповцев были насильно отправлены на поселение в Сибирь. Разорению подверглись и другие центры старообрядчества, например, Стародубье. В отношении беглопоповцев власть придерживалась умеренного курса. Беглопоповцы семь раз делали попытки обрести епископа, даже обращались в Святейший Синод, но ничего не добились. В 1788 г. старообрядцам были предоставлены некоторые свободы, официально отменялось название «раскольники», упразднялся двойной подушный оклад. Старообрядцев разрешалось избирать на общественные должности. В 1780–1790 гг. в Стародубье, на Иргизе, на Ингуле получило распространение единоверие как форма примирения с православной церковью при сохранении старых обрядов. Екатерина II инициировала массовое переселение иностранных колонистов (прежде всего, немцев) в различные регионы страны (Поволжье, Украина, Крым, Прибалтика). Это существенно увеличило число протестантов (в основном, лютеран), а также католиков в России. Им дозволялось строить школы, церкви, свободно совершать богослужения. 14 декабря 1772 г. была создана католическая епархия в Могилёве, в юрисдикцию которой попали все католические приходы и монастыри латинского обряда на территории империи. Сохранялась униатская епархия в Полоцке. Надзор за католиками осуществляла Юстиц-коллегия лифляндских, эстляндских и финляндских дел. Папские буллы не могли быть обнародованы в России без утверждения императрицы. С 1794 г., после второго раздела Речи Посполитой, на Правобережной Украине начался массовый процесс присоединения униатов к православной церкви. Указом от 17 июня 1773 г. Екатерина II провозгласила принцип веротерпимости, дела «иноверцев» передавались из ведения епархиальных архиереев в юрисдикцию светской администрации. Особое значение это имело для мусульманского населения. Было разрешено запрещённое прежде строительство мечетей, при которых создавались медресе. С 1783 г. разрешался приём на военную службу татарских мурз и «чиновных людей» и присвоение им офицерских званий, что давало возможность получить дворянство. Однако для получения звания выше премьер-майора требовалось разрешение императрицы.