Вне разрядов были поставлены Троице-Сергиева лавра, Киево-Печерская лавра, а также кафедральные монастыри: Александро-Невский (впоследствии лавра), владимирский в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Ипатиевский во имя Святой Троицы, новгород-северский в честь Преображения Господня, черниговский Борисоглебский и Чудов в честь архангела Михаила в Хонех. Лаврам назначалось содержание в размере 10 070 руб. в год (эта сумма пополнялась за счёт пожертвований от императорского двора). Остальные обители либо становились заштатными (они тоже были разделены в 1764 г. на три класса в зависимости от числа монашествующих и существовали на пожертвования и средства от продажи различных изделий, а также на доходы от монастырских садов, огородов), либо упразднялись, приписывались к более крупным, обращались в приходские церкви. 10 апреля 1786 г. секуляризационная реформа была проведена на территории Киевского, Черниговского и Новгород-Северского наместничеств, 26 апреля 1788 г. – в Харьковском, Екатеринославском, Курском и Воронежском наместничествах, а в 1793–1795 гг. – в присоединённых губерниях Литвы, Западной Белоруссии и Западной Украины. Всего в результате секуляризации казённое содержание получило 272 монастыря, упразднено более 500, число монашествующих сократилось более чем в два раза. Реформа нанесла удар по церкви, но протестовали лишь некоторые лица. Секуляризацию критиковали Ростовский митрополит священномученик Арсений (Мацеевич), в 1763 г. осуждённый, лишённый сана, а в 1767 г. – монашеского звания и умерший в заключении; Тобольский митрополит Павел (Конюсевич), уволенный на покой в 1768 г. При выборе кандидатов на архиерейские кафедры Екатерина II в отличие от предшественников делала ставку на выходцев не из Малороссии, а из Великороссии, которые были более лояльны к политике императрицы. Её помощниками в сфере духовного просвещения стали, прежде всего, Московский митрополит Платон (Левшин) и Новгородский и Санкт-Петербургский митрополит Гавриил (Петров). Будущий митрополит Платон произнёс приветственную речь во время посещения императрицей Троице-Сергиевой лавры в 1763 г. Екатерина II была восхищена им и вскоре назначила его законоучителем наследника великого князя Павла Петровича. Она уделяла внимание проблеме реформы духовно-учебных заведений. В 1762 г. была создана Комиссия для разработки плана преобразования духовных школ. Согласно проекту реформы (1766 г.), предполагалось разделить духовно-учебные заведения на высшие, средние и низшие, ввести новые предметы, более современные методы обучения. Проект не был реализован. Для подготовки преподавателей Екатерина II намеревалась открыть богословский факультет при Московском университете, однако эта идея также не была осуществлена. Тем не менее, система учебных заведений развивалась. В семинариях расширился круг общеобразовательных дисциплин, были открыты высшие философский и богословский классы. Русский как язык преподавания стал вытеснять латынь. Благодаря митрополиту Платону существенно повысился уровень преподавания в Славяно-греко-латинской академии в Москве и в Троицкой семинарии.