Занимался историей Саровской пустыни, стал автором первого капитального труда о Серафиме Саровском: в 1861 г. Саровский монастырь обратился к нему с просьбой подготовить на основе имеющихся публикаций и архивных данных Житие преподобного Серафима. Первый биограф Серафима Саровского Николай Александрович Мотовилов (1809–1879 гг.) в августе 1861 г. передал ему дополнительные материалы. В результате Н.В. Елагин составил, отредактировал и издал в 1863 г. в Санкт-Петербурге жизнеописание преподобного – «Житие старца Серафима, Саровской пустыни иеромонаха, пустынножителя и затворника. С приложением его наставлений и келейного молитвенного правила». В 1864 г. в Санкт-Петербурге вышло историческое описание Валаамского монастыря. Публикаторская деятельность Н.В. Елагина началась с издания «Писем о христианской жизни» (СПб., 1858–1860. Вып. 1–4) святителя Феофана Затворника (он состоял в активной переписке с ним: было известно 235 их писем). Им были изданы книги анонимного автора, с которым был солидарен: «Дух и заслуги монашества для Церкви и общества» (1874 г.) и «Белое духовенство и его интересы» (СПб., 1881 г.), «Несколько слов о монашестве прежнем и нынешнем» (СПб., 1891 г.). Н.В. Елагин издал в Берлине книгу «Русское духовенство» (1859 г.), под своим именем напечатал: «Рассказ о киевскоц старине» (СПб., 1842 г.), «Очерк жизни князя Платона Александровича Ширинского-Шихматова» (СПб., 1855 г.); «Жизнь княгини Орловой-Чесменской» (СПб., 1853 г.); «Письма о христианской жизни» (СПб., 1858 г.); «Белевская вивлиофика. Собрание памятников об истории Белева и Белевского уезда» (М., 1858 г.); «Сравнение древних грамот и актов городов Вильно, Трок, Ковно и проч.»; «Фрески XI в., открытые в Киево-Софийском соборе», «О передаче брачных дел из духовного суда в светский» (М., 1879 г.) и др. Сочинение «О передаче брачных дел из духовного суда в светский» достигло своей цели – задержало реформу церковного суда. Ему же приписывают изданные за границей: «Русское духовенство» (Берлин, 1859 г.) и «Искандер-Герцен» (Берлин, 1859 г.). Составленная Н.В. Елагиным «Жизнь графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской» (СПб., 1853 г.) является единственным до настоящего времени жизнеописанием известной церковной благотворительницы. В 1859 г. ему были переданы княгиней Татьяной Борисовной Потёмкиной (1797–1869 гг.) собранные о духовнике Н.В. Гоголя протоиерее Матвее материалы. Николай Васильевич находился также в тесной дружбе с профессором Московской духовной академии Петром Семёновичем Казанским (1819–1878 гг.), который по просьбе Елагина и составил «Житие иже во святых отца нашего Тихона, епископа воронежского, чудотворца всея России» (СПб., 1871 г. – для народного чтения); такое же сочинение, более пространное, было издано позже (2 изд., 1862 г.). Монашество для Елагина являлось высшей степенью нравственного совершенства, поэтому он постоянно подчёркивал значение монашества и особенно архиереев – апостольских преемников, поскольку падение роли епископата приводит к протестантизму. Часть белого духовенства, по мнению Елагина, отличалась недолжным исполнением пастырских обязанностей и стремлением к власти, что приводило к возникновению церковных и общественных нестроений. Он выступал против принципа выборности духовенства, перехода под начало белых священников духовно-учебных заведений; говорил о необходимости монастырского характера воспитания семинаристов. Распространение науки, печати, образования в обществе, по его мнению, ослабляют церковный дух и готовят почву для либерализма, а затем и нигилизма. Подвергал критике гражданскую власть, начиная с Петра I, за «мирское направление». Основной задачей Елагин считал устранение всего, что может стеснять, подавлять проявления духовности церкви, лишать её возможности без ограничений исполнять своё предназначение – вести верующих к спасению.