Поэтому Ефрем IV именует Христа «сложным». Поскольку христологическая полемика эпохи происходила вокруг таких важных богословских понятий, как «природа», «сущность», «ипостась» и др., то Ефрем IV не мог не коснуться их объяснения и приводил на этот счёт различные святоотеческие свидетельства. Эти категории он делит на два вида: «общее» – природа, род, сущность и «частное» – ипостась и лицо. Впрочем, на основании использования этих терминов в предшествующей церковной традиции Ефрем IV знает их синонимичное заменительное употребление в собственном смысле: так, термины «природа» и «сущность» как понятия общие являются взаимозаменимыми. В несобственном же смысле иногда возможна замена термина «природа» термином «ипостась». Однако, по словам Ефрема IV, эти категории следует принимать с благочестивым намерением: «Если выражение относится к лицу или кому-либо составленному, то вместо ипостаси следует принимать наименование природы, а если говорится о том, из чего составлен единый Христос, тогда выражение «природа» следует мыслить вместо природы в первом смысле и сущности». Тем самым он ставит в синонимичное соответствие два центральных термина: «природа» в высказывании Кирилла Александрийского «единая воплощённая природа Бога Слова» и «Ипостась» в Халкидонском оросе. В вопросе о виде соединения божества и человечества во Христе Ефрем IV твёрдо стоит на позиции Халкидонского собора – о соединении по Ипостаси. Полемизируя с монофизитами, которые опирались на неправильное понимание выражения «единая воплощённая природа Бога Слова», употреблённого Кириллом, он выдвигает его православное понимание и доказывает на основе анализа категорий единственную правильность учения о соединении не иначе как в одной ипостаси: «...Невозможно соединиться одной ипостаси с другой ипостасью по ипостаси, и невозможно Петру и Павлу соединиться в одну ипостась». «Единосущное с единосущным не могут войти в единство по ипостаси, как душа с душой и тело с телом. Разносущные же соединяются друг с другом по ипостаси. Поэтому соединение природ возможно только по ипостаси». Называть Христа «сложным» Ефрем IV считает возможным только применительно к ипостасному соединению, Ипостаси или Лицу, но нельзя говорить о «сложной природе» или «сложной сущности», как это утверждали монофизиты. В связи с этим Ефрему IV необходимо было показать тождественность содержания при буквальном различии формулировок Халкидонского собора о двух природах в одной Ипостаси Христа и выражения «единая воплощённая природа Бога Слова» у Кирилла. Он делает это на основании тождества главных понятий – природы (в одном из её значений) и ипостаси: «Единая воплощённая природа Бога Слова» для Ефрема IV – «единое Лицо или единая воплощенная Ипостась Слова». Более того, халкидонское учение о соединении двух природ Христа по Ипостаси есть подтверждение учения о «единой воплощенной природе Бога Слова». Таким образом, Ефрем IV «по-неохалкидонски» согласует между собой эти два вероопределения. Сама же природа в выражении «единая воплощённая природа Бога Слова» должна пониматься как ипостась; если же как природа в «общем» смысле, то ошибочно «введём Отца и Всесвятого Духа тоже воплотившимися», т.е. воплощение и страдания будут приписаны всем Лицам Святой Троицы вследствие общности и единства Её божества. При этом каждая из природ в сложной Ипостаси Христа сохраняет характерные особенности: «В едином Лице Христа ничто не мешает мне мыслить божественное и человеческое отличия».