Антиохийская община оказалась разделена между тремя епископами, и Евзоий был предстоятелем лишь арианской группы антиохийцев. Он терпимо относился к евстафианам, которых не считал серьёзной силой, и даже передал епископу Павлину один из городских храмов. К мелетианам, которые составляли значительную часть антиохийской паствы, Евзоий был настроен враждебно, не допускал их на богослужения в город, и те сохраняли за собой лишь храм в Палее, пригороде Антиохии. Евзоий поддержал инициативу Константинопольского епископа Евдоксия (360–370 гг.) по восстановлению союза между омиями и крайними арианами – аномеями, которых возглавлял Аэтий (ум. около 370 г.). После прихода к власти императора Юлиана Отступника Евдоксий попросил Евзоия отменить все постановления, связанные с осуждением Аэтия. Евзоий выразил по этому поводу недовольство, видимо, считая, что оправдать Аэтия должен тот, кто его осудил, т.е. сам Евдоксий. Тем не менее, он собрал в Антиохии Собор из девяти епископов и восстановил Аэтия в церковном общении. Евзоий активно поддерживал проповедническую миссию арианского епископа Феофила Инда, прибывшего в Антиохию при императоре Юлиане. В октябре 362 г. произошёл пожар в храме Аполлона в Дафне, пригороде Антиохии. Находившийся в городе император Юлиан обвинил христиан в умышленном поджоге. Его гнев обрушился, в основном, на сторонников Евзоия, поскольку его паства в это время владела почти всеми храмами Антиохии, и император Юлиан рассматривал Евзоия как главу антиохийских христиан. По указанию императора была закрыта главная базилика города. Юлиан также грозил конфисковать все церковные сосуды и осквернить алтари. Евзоий выступил с обличением Юлиана, за что публично получил от императора пощёчину, но осквернение храмов удалось предотвратить. Афанасий I Великий сообщает, что с приходом к власти императора Иовиана (363–364 гг.), сторонника Никейского Символа веры, Евзоий пытался добиться его благосклонности при помощи придворных евнухов, однако евнухи поплатились за это жизнью. Афанасий также писал, что Евзоий был несколько раз низложен. Если это так, то единственный период, когда Евзоий мог быть низложен с Антиохийской кафедры, приходится на правление императора Иовиана. Исследователи полагают, что причиной низложения стала причастность Евзоия к какой-то интриге, в которой оказались замешаны упомянутые Афанасием евнухи. После смерти Иовиана в 364 г. императором Восточной Римской империи стал Валент II (364–378 гг.), который внешне стремился не вмешиваться в религиозные дела, но являлся сторонником омиев. Церковная политика Валента была направлена к тому, чтобы объединить Восток под гегемонией омиев. Император старался личным влиянием действовать в их интересах. Нередко он, прибыв в какой-либо город, пользуясь произведённым им на народ впечатлением, ставил епископу альтернативу: общение с омиями или изгнание. Положение Евзоия в Антиохии укрепилось. Как и Евдоксий, он при Валенте разорвал связи с аномеями и начал открытую полемику с ними. В проповедях Евзоий высмеивал не только Аэтия, но и Феофила Инда. В 365 г. император Валент вновь выслал Мелетия I из Антиохии, не тронув главу евстафиан епископа Павлина из уважения к его возрасту или к благочестию. В своих действиях власти руководствовались (в том числе) и советами Евзоия, который, продолжая преследование мелетиан и поддержку евстафиан, возможно, рассчитывал углубить разногласия между партиями. Преследования мелетиан были жестокими, некоторые несогласные войти в общение с Евзоием были утоплены в р. Оронт, другие изгнаны. После смерти святителя Афанасия Великого (373 г.) Евзоий выразил императору Валенту готовность отправиться в Александрию и рукоположить нового епископа. Евзоий прибыл в Александрию с отрядом воинов, изгнал избранного православными епископа Петра II (373–374, 379–380 гг.) и вернул на Александрийскую кафедру арианина Луция (361–365, 375–378 гг.), впервые избранного на кафедру ещё в 361 г. Поездка в Александрию стала последним деянием Евзоия. Скончался он в 376 г. Из его произведений сохранилось только написанное им совместно с Арием исповедание веры. В нём повторяется Никейский Символ веры и его терминология, за исключением понятий «Единосущный» и «из сущности Отца» при описании отношений Первого и Второго Лиц Святой Троицы.