Отцы церкви единогласно свидетельствуют о его православии. Несмотря на то что некоторые учёные XX в. (Ф. Лоофс, Р. Селлерс и др.) видели в Евстафии последователя Павла Самосатского и предшественника Нестория, находили у него концепцию икономии в триадологии (фактически подтверждая тем самым обвинение Евстафия в савеллианстве Евсевием Кесарийским) и чрезмерный христологический дуализм, большинство исследователей богословия Евстафия (Каваллера, Э. Бёрн, О. Барденхевер, А. Грилльмайер, Спаннё и др.) не разделяли подобных крайних оценок. Так, по мнению Спаннё, триадология Евстафия вполне традиционна: невозможно утверждать, что он видит в Слове безличный атрибут Бога. Напротив, он часто употребляет термины, предполагающие между Богом и Словом отношение Отца и Сына. Комментируя тексты Священного Писания, в которых встречается термин «Логос», Евстафий неоднократно вводит идею сыновства. Божественный Логос по природе есть Бог, самодовлеющий, беспредельный, непостижимый, всеведущий, всемогущий, всё наполняющий. Через Него сотворено всё – «ангелы, небеса и земля, море, глубины и пробегающие по небу светила». Антиохийский патриарх-монофизит Севир (512–518 гг.) в третьем письме к Сергию Грамматику сообщает, что Евстафий говорил об «одной Ипостаси Божества», однако в том же фрагменте, приводимом Севиром, Евстафий провозглашает «двоицу в единице». Толкуя в «Диагностике» слова из Священного Писания: «...искушает вас Господь, Бог ваш, чтобы узнать, любите ли вы Господа, Бога вашего» (Втор. 13:3), Евстафий говорит о том, что священный автор, «представляя здесь двоицу Отца и единородного Сына, Одного именует искушающим Господом, Другого же, напротив, – возлюбленным Господом и Богом, дабы из двоицы показать единство божества и истинное богорождение». В христологии Евстафий подчёркивает различие природ. Христос не один из созданных Богом невидимых и служебных Его сил, но по природе Своей Единый Божественнейший Сын Бога Живого, истинный Бог, рождённый от Бога. По телесной природе Христос – истинный человек, имеет плоть вместе с костями. Его тело было создано в утробе Девы Марии действием Святого Духа. Рождённый в Вифлееме повит был пеленами, вскармливался, из-за замыслов Ирода провёл несколько лет в Египте, говорил по-детски, возрастал телом, дни Его жизни умножались, в Назарете Он достиг зрелого возраста. Следы на теле Христа от гвоздей и ударов бичей, излияние крови, самое Воскресение служат, по словам Евстафия, надёжным доказательством непризрачности плоти Спасителя. По подсчётам Спаннё, Евстафий семь раз употребляет выражение «человек Христос» и настаивает, что Слово восприняло в полноте человеческую природу, в том числе человеческую душу, обличая при этом «монофизитскую тенденцию» некоторых ариан, учивших, что Христос воспринял тело без души. В чрезмерно «дуалистических» выражениях, встречающихся в антиарианских сочинениях Евстафия, исследователи усматривают его стремление с твёрдостью защитить целостность двух природ. В этом смысле, по характеристике Грилльмайера, христология Евстафия в целом укладывается в схему «Слово – человек». Единение природ во Христе хотя и не выражено у Евстафия с достаточной ясностью, тем не менее, подразумевается. Несмотря на стремление разграничить свойства каждой из природ, Евстафий говорит о «нашем Боге»: «Когда же Он вступил в общение с людьми, если не тогда, когда родился среди них от Девы, вместе с ними младенчествовал, возрастал, ел, пил и т.д.?»