Все эти издания публиковали текст трактата по рукописи, использованной Л. Алляцием. В 1836 г. А. Ян приступил к изучению единственного древнего свидетельства «трикнижия», однако издать текст трактата Евстафия по этой рукописи ему удалось только в 1886 г. При издании было сохранено деление на главы, осуществлённое А. Галланди (с небольшим изменением в начале 27-й гл.), а также составлен критический аппарат, в котором были указаны разночтения с предшествующими публикациями. Издание Э. Клостерманна (1912 г.), которое произвело новую колляцию мюнхенской рукописи, существенно улучшило издание А. Яна и пробудило интерес филологов к творению Евстафия, которые предлагали новые конъектуры: Л. Радермахер (1920–1924 гг.), А. Бринкманн (1925 г.), Э. Шварц (1925 г). В 1932 г. филолог В. Брокмайер подняла тему о языке и стиле Евстафия. Взяв за основу издание Э. Клостерманна, в некоторых случаях она предпочитала конъектуры А. Бринкманна и Г. Шёне или предлагала свои варианты. В 1953 г. Ф. Шайдвайлер опубликовал результаты изучения случаев хиазма в трактате Евстафия. Он обнаружил некоторые грамматические и лексические особенности и предложил несколько корректур. В 1989 г. Симонетти переиздал «трикнижие» по изданию Э. Клостерманна с корректурами А. Яна, Л. Радермахера, А. Бринкманна, Шайдвайлера, снабдив его вступительной статьёй, итальянским переводом и примечаниями. Последнее критическое издание трактата вышло в 2002 г. под редакцией Деклерка. Многие творения Евстафия сохранились во фрагментах в сочинениях древнехристианских писателей, в катенах, в различных флорилегиях (на греческом, латинском и сирийском языках). В новейшем издании Деклерка представлено 155 фрагментов (не включая сирийской и латинской версий, а также двух или трёх версий греческого текста для некоторых фрагментов). Из них 62 не были учтены в издании Спаннё. Большинство аутентичных фрагментов Деклерк сгруппировал по 14 тематическим заглавиям: «Против ариан и о душе»; «О надписании титулов»; «На слова: “Господь созда мя начало путей Своих”» (Притч. 8:22); «О надписании “Псалмов степеней”»; «Толкование на 92-й псалом»; «Против ариан»; «О вере, против ариан»; «Послание к Александру Александрийскому (о Мелхиседеке)»; «Об искушениях»; «Второе слово пред всей Церковью»; «Слово пред всей Церковью, на слова: “Слово стало плотию”» (Ин. 1:14); «Об иудействе» («De Hebraismo»); «На Иосифа»; «На самаряныню». Остальные фрагменты объединены в группы «Fragmenta variae originis» («Аутентичные фрагменты различного происхождения») и «Fragmenta dubia et spuria» («Фрагменты сомнительного происхождения и неподлинные»). Типология источников сохранившихся фрагментов творений Евстафия показывает исследователям, что на его авторитет часто ссылались при обсуждении различных богословских вопросов в течение многих веков. Фрагменты сочинений Евстафия, дошедшие в догматических сборниках, в основном, посвящены вопросу о двух природах во Христе, поскольку в строгом различении природ Евстафий предвосхитил проблематику христологических споров V в. В течение VI и VII вв. его тексты использовались в полемике с оригенистами: «Анонимный трактат к тем, кто говорят, что человеческие души предсуществуют телам», для защиты «Трёх глав» (Факунд Гермианский), в трактате Евстратия Константинопольского «О состоянии души после смерти», против тритеистов – творения Дамиана Александрийского, которые цитирует Пётр Каллиник в сочинении «Contra Damianum» («Против Дамиана», между 578 и 591), против моноэнергизма и монофелитства – ряд трактатов, приписывавшихся Максиму Исповеднику.