Император Маркиан умер, не успев оценить силу вызванного им противодействия. Сменивший его Лев I Великий (которого не следует путать с папой Римским Львом I, прозванным «Великим» за «спасение Рима» от вандалов), ставленник варвара-арианина Аспара при виде анархии, вызванной вероопределением Собора, не хотел созывать нового, но ограничился опросом епископата о кровавых событиях в Сирии и в Александрии. Император Лев I сделал запрос всем епископам и архимандритам империи: следует ли стоять на решениях Халкидонского собора и не возможно ли соглашение с монофизитами. Однако под давлением епископов в 460 г. он низложил Элура и послал на его место умеренного и миролюбивого Тимофея III Салофакиола (460–475, 477–482 гг.). Александрийцы приняли его, но не приняли православия (впоследствии на территории Египта была организована автокефальная Коптская церковь). Точно так же очень многочисленными были монофизиты в Антиохии, а в Палестине вернувшийся из Халкидона монах Феодосий поднял народное восстание в пользу осуждённой ереси. Иерусалим был взят и разграблен мятежниками, а после восстановления порядка войсками Феодосий бежал на Синай, откуда продолжал действовать в пользу монофизитства. В Сирии между тем глава монофизитов Пётр II Кнафей («Суконщик») завладел патриаршим престолом, выставил слова как девиз истинной веры «Бог был распят» и прибавил к гимну «Святый Боже, Святый крепкий, Святый бессмертный» слова «распятый за нас». Таким образом, Халкидонский собор не принёс мира в империю, но напротив, усугубил раскол между диофизитами-антиохийцами и миафизитами-александрийцами. По всему Востоку поднялась волна народного негодования, которая привела к осуждению этого Собора по местам и свержению епископов-халкидонитов. Чтобы успокоить население и саму церковь, несколько императоров к ряду издавали противоречащие друг другу документы, то отменяющие результаты Халкидонского собора, то их восстанавливающие. Наиболее значимым и известным среди этих документов стал так называемый «Энотикон» – вероисповедальное послание императора Зенона (482 г.), призванное примирить враждующие христологические партии через возврат веры церкви к временам трёх Вселенских соборов. Решение проблемы виделось в отказе как от второго Эфесского, так и Халкидонского соборов, равно претендующих на статус четвёртого Вселенского. Соответственно, главными еретиками объявлялись, с одной стороны, Несторий, с другой стороны, Евтихий. Как некогда (после третьего Вселенского собора) при заключении «Антиохийской унии», ради достижения хоть какого-то мира между победившими александрийцами и проигравшими антиохийцами, последним было предложено анафематствовать осуждённого миафизитами Нестория, с приписыванием ему никогда в реальности не исповеданных им ересей, так и теперь, для достижения консенсуса миафизитам предлагалось анафематствовать осуждённого диофизитами Евтихия, с признанием за ним ересей, которых Евтихий на самом деле не исповедовал. Это был встречный компромисс, и александрийцы ради общецерковного отказа от Халкидонского собора подписывались под «Энотиконом», чем приносили Евтихия в жертву, официально признавая его еретиком-докетом, со всеми вытекающими из такого признания анафемами. Благодаря «Энотикону» с его признанием Нестория и Евтихия еретиками, с диофизитов формально снимались подозрения в «несторианском» раздвоении Христа, а с миафизитов – подозрения в «евтихианском» смешении природ во Христе и отрицания его человечества. Таким образом, благодаря «Энотикону» церковь Восточной Римской империи была объединена. В самом конце V в., ради единства с церковью Византии, к «Энотикону» присоединились и находящиеся вне империи церкви Армении, Грузии и Кавказской Албании. Так имя константинопольского игумена Евтихия попало в списки анафематствованных ересиархов и в этих церквях. Однако отказ восточных церквей от Халкидонского собора привёл к демаршу Римской церкви. Непризнание Халкидона прямо подрывало богословский авторитет папы Льва, чей Томос (послание) стал основой соборного вероопределения. Папство на это согласиться не могло, поэтому уния восточных патриархатов на основе «Энотикона» привела к длительному конфликту между Римом и Константинополем в так называемой «Акакианской схизме»  В 519 г., ради устранения раскола между Константинополем и Римом, новый император Юстин I (518–527 гг.) отверг «Энотикон» Зенона и провозгласил Халкидонский собор святым и Вселенским. Соответственно, раскол вернулся на Восток. Но невзирая на то, что партия диофизитов вернулась к Халкидону, миафизиты не стали симметрично в ответ объявлять Вселенским второй Эфесский собор и реабилитировать Евтихия. Поэтому он и поныне считается в Древневосточных православных церквях анафематствованным еретиком, учившим докетизму, а количество Вселенских соборов здесь ограничивается тремя.