Хотя Евзоий и выразил недовольство по этому поводу, считая, что оправдать Аэтия должен тот, кто его осудил (т.е. сам Евдоксий), однако созвал Собор (около 362 г.) из девяти епископов и восстановил Аэтия в церковном общении. Но дальнейшие события (в том числе усиление нетерпимости к христианам со стороны императора Юлиана Отступника) помешали Евдоксию завершить объединение омиев и аномеев (позже окончательно разошёлся с Евномием и Аэтием). О деятельности Евдоксия при императоре Иовиане (363–364 гг.) исследователям подробности неизвестны. В этот период он продолжал управлять арианствующей паствой в Константинополе, не вмешиваясь в церковно-политические споры. Положение изменилось с приходом к власти императора Валента (364 г.). В начале царствования Валентиниана I (364 г.) представители партии полуариан (македониан), отвергавшие и «никейскую», и «константинопольскую» веру, как опасные крайности, явились к императору и просили о дозволении собраться на Собор. Валентиниан I, с идеальной добросовестностью державшийся начала свободы совести и невмешательства в церковные дела, заявил, что догматические вопросы – не его дело, а их, епископов. Тогда они собрались на Собор в Лампсаке, продолжавшийся два месяца. Между тем Валентиниан I отбыл на Запад, и восточным Августом остался Валент, вставший на сторону господствующей партии омиев. Хотя религиозная политика императора в пользу омиев определилась лишь в 365 г., тем не менее, с самого начала он поддерживал Евдоксия. Поэтому когда послы Лампсакского собора представились Валенту со своими решениями, он просто предложил им вступить в общение с Евдоксием, а когда те на это не согласились, то он отправил их в ссылку. Это заставило македониан искать себе поддержки на Западе и вступить в общение с папой Либерием (352–366 гг.). Поскольку они понимали, что «никейская вера» – то, без чего не может быть переговоров с Римом, то решились подписать Никейский Символ и с этим документом отправили делегатов к Либерию, которые возвратились от него с общительной грамотой. Император Валент испытывал уважение к Константинопольскому епископу, и накануне похода против готов в 367 г. Евдоксий крестил его. Император считал, что, приняв компромиссную ариминскую формулу, можно установить мир в церкви, и в этом вопросе Евдоксий его активно поддерживал. По словам Филосторгия, Евдоксий не жалел сил для обличения своих бывших соратников Евномия и Аэтия, поведение которых его раздражало, т.к. аномеи начали устанавливать параллельную иерархию. Дело дошло до того, что Аэтий и Евномий обосновались в Константинополе, смущали проповедями народ и, наконец, рукоположили епископа Пимения вместо Евдоксия. Несмотря на действия аномеев и сопротивление небольшой православной общины, тайно руководимой проживающим в столице Антиохийским епископом Евстафием, положение Евдоксия в Константинополе при императоре Валенте оставалось прочным (его правление Константинопольской церковью длилось 11 лет). Историк Созомен (около 400 – 450 гг.) причисляет Евдоксия к наиболее значительным богословам и писателям середины IV в., однако до настоящего времени не сохранилось ни одного сочинения Евдоксия, из-за чего его догматические взгляды с трудом поддаются реконструкции. Представление о них исследователи составляют лишь на основании единственного сохранившегося фрагмента из слова «О воплощении», являющегося кратким исповеданием веры в составе сборнике «Doctrina patrum». Принадлежность Евдоксия в дошедших катенах фрагментов толкования на «Книгу пророка Даниила» исследователи подвергают сомнению. По свидетельству церковных историков, в своих богословских предпосылках Евдоксий всегда был строгим арианином. Несмотря на внешний отказ от воззрений Аэтия, Евдоксий не отвергал его учения, поскольку оно было и его собственное. Он лишь в личных интересах принял формулу омиев, так что его размежевание с Аэтием и Евномием было чисто внешним.