Практически полное отсутствие связующего речения нарратива и признаки близости текста к преданию привели ряд исследователей к мысли о том, что это апокрифическое Евангелие сохранило не зависимо от канонической традиции древнейшее собрание речений (логий) Иисуса Христа. Хотя многие учёные указывали на явные признаки редакторской работы, сделанной в гностической среде, самые радикальные библейские критики стали рассматривать «Евангелие Фомы» по степени древности и аутентичности в одном ряду с каноническими Евангелиями. Кроме того, это евангелие сыграло важную роль в развитии гипотезы источника Q (см. в ст. Евангелие). Другой раннехристианский текст, вызвавший бурную дискуссию в научной среде, – «Евангелие Петра», известное в цитатах (в сирийской «Дидаскалии», у мученика Иустина, священномученика Мелитона и Оригена). Рукопись VIII–IX вв. с полным текстом была обнаружена в 1886–1887 гг. в Верхнем Египте. Хотя изначально большинство учёных поддержали позицию Теодора Цана, утверждавшего зависимость этого апокрифического Евангелия от синоптической традиции (вопреки мнению Адольфа фон Гарнака), в 1980 гг. были выдвинуты новые аргументы в пользу его независимости (сначала Роном Камероном, затем Х.Г. Кёстером и Джоном Домиником Кроссаном, которые апеллировали к папирусному фрагменту P. Oxy. 2949). Дж.Д. Кроссан предположил, что в «Евангелии Петра» был использован тот же источник, повествующий о Страстях Господа, что и в Евангелии от Марка, однако в апокриф он был включён в менее редактированном виде. Против гипотезы Дж.Д. Кроссана выступил Раймонд Браун, доказывавший зависимость «Евангелия Петра» от синоптиков на основе метода анализа редакций. Важным аргументом против древности этого апокрифа может служить его ярко выраженная антииудейская направленность. Кроме того, была поставлена под вопрос и принадлежность к этому евангелию указанных папирусных фрагментов. В целом ответом на позицию либеральных критиков, отстаивающих достоверность апокрифических Евангелий, может служить, как полагают исследователи, указание, по крайней мере, на одно их важное отличие от канонических Евангелий – отсутствие признаков опоры на показания свидетелей, ближайших учеников Христа. Во второй половине XX в. помимо нового издания труда В. Шнеемельхера (предшествующая книга Э. Хеннеке была полностью переработана) вышло несколько собраний апокрифических Евангелий (в основном, в переводах на европейские языки). Наиболее авторитетным современным изданием отдельных памятников исследователи считают «Series Apocryphorum» в составе «Corpus Christianorum» (изданы «Евангелие Варфоломея», «Легенда об Авгаре», «Послание апостолов» и др.). В этой серии вышел указатель всех известных на тот момент новозаветных апокрифов, включая апокрифические Евангелия. Корпус апокрифических Евангелий время от времени пополняется. Одно из последних добавлений – известное раньше исследователям лишь по названию «Евангелие Иуды», реконструкция текста которого была опубликована в 2006 г. Вместе с тем на протяжении всей истории научного изучения апокрифических Евангелий неоднократно изобличались подделки, как средневековые (например, подложность «Послания Лентула» продемонстрировал ещё Лоренцо Валла), так и современные (многие учёные признают подделкой опубликованное Мортоном Смитом «Марка тайное евангелие»).