Самыми важными фрагментами апокрифических Евангелий на папирусах исследователи называют P. Egerton 2 (около 150 г.; одна из самых древних христианских рукописей, содержащая четыре перикопы, в которых идёт речь о споре Христа с иудейскими лидерами, об очищении прокажённого, о вопросе об уплате подати и о неизвестном исследователям чуде; фрагмент этого же папируса – P. Colon. 255), P. Oxy. 840 (IV или V в.; рассказ о посещении Иисусом Христом Иерусалимского храма и о споре с первосвященником об очищении), P. Oxy. 1224 (IV в.; содержит три речения), «Файюмский папирус» (P. Vindob. G 2325 (Fajjum), III в.; содержит текст, близкий к Мк. 14:27, 29–30; имя апостола Петра выделено красными чернилами как nomen sacrum), Страсбургский коптский папирус (P. Argentinensis, V–VI вв.; молитва Иисуса Христа, Его беседа с учениками и откровение), P. Oxy. 1081 (III–IV вв.; беседа Иисуса с учениками), P. Oxy. 1224 (IV в.; неизвестное речение), P. Oxy. 210 (III в.; текст, составленный на основе канонических Евангелий и Посланий апостола Павла), P. Cair. 10735 (VI–VII вв.; нарратив, связанный с Рождеством), P. Berol. 11710 (VI в.; фрагмент основан на Ин. 1:49), P. Mert. II 51 (III в.; зависит от ряда синоптических текстов), P. Oxy. 2949 (III в.; спорный памятник, содержащий, как полагают исследователи, фрагменты из «Евангелия от Петра». Статус стандартного издания раннехристианских апокрифов приобрела работа Эдгара Людвига Теодора Хеннеке «Neutestamentliche Apokryphen» (совместно с Вильгельмом Шнеемельхером). В англоязычном мире популярностью пользовалось издание Монтегю Родса Джеймса. Однако ещё долгое время изучение апокрифов оставалось маргинальным направлением (например, Рудольф Бультман считал апокрифические Евангелия лишь легендарными адаптациями и расширениями канонических Евангелий, не представляющими никакой исторической ценности). Поворот в оценке апокрифических Евангелий наметился в работах Вальтера Бауэра, предположившего, что многие раннехристианские общины изначально были «еретическими», а следовательно, возникшие в их среде тексты могли сохранять достоверные сведения о Христе и об апостольской эпохе. Настоящий прорыв в изучении апокрифических Евангелий произошёл после публикации находок в Наг-Хаммади. Хельмут Генрих Кёстер и Джеймс М. Робинсон выдвинули гипотезу о том, что раннехристианское предание развивалось параллельно по нескольким направлениям (траекториям), и что как канонические, так и апокрифические тексты в равной мере содержат аутентичные сведения, предлагая при этом уже отредактированную историю Иисуса Христа и Его учения. Наибольшее число споров вызвало найденное в Наг-Хаммади коптское «Евангелие Фомы» (раньше было известно три греческих фрагмента – P. Oxy. 1, 654, 655, которые, как полагают исследователи, отражают иную редакцию этого произведения).