После этого в американской епископальной протестантской церкви имелись три епископа, посвящённых Церковью Англии, что устраняло прежнюю невозможность совершать епископские посвящения в Америке вследствие посвящения С. Сибури шотландскими епископами. В 1792 г. тремя посвящёнными в Англии был посвящён в епископы для Мериленда Клягет. Затем был поставлен важнейший вопрос об отношении  Епископальной церкви США к «Тридцати девяти статьям». В. Вайт настаивал на сохранении этих статей в полном составе на том основании, что для веры нужны правила, исходящие из публичного авторитета церкви, а иначе вера станет субъективизмом. К его мнению присоединился Клягет. С. Сибури был недоволен некоторыми статьями из 39 и желал, чтобы этот катехизис был вовсе отменён, на том основании, что всё необходимое учение содержится в литургии. Его мнение разделял Мадиссон. Прокуст, который был председателем, удержался от выражения своего мнения до конца подачи голосов. Окончательное решение вопроса было отложено до Генеральных собраний 1799 и 1801–1802 гг. На этих собраниях Прокуст настаивал на ненадобности каких бы то ни было «статей», как напрасных стеснений личного суждения верующего. Другие, опасаясь вредных последствий для церкви от безусловного свободомыслия, стояли за некоторые статьи из 39 с устранением иных; третьи оставляли статьи как основоположения, которые можно видоизменять и дополнять. На Генеральном собрании 1801 г. «Тридцать девять статей» были приняты, но допускалось внесение изменений применительно к государственному (республиканскому) управлению Америки, в соответствии с ранее утверждёнными церковью правилами. В дальнейшем протестантская Епископальная церковь США приняла следующий принцип организации, который сохраняется до сих пор. Было установлено следующее: 1) Высшая инстанция церковного управления – Генеральное собрание представителей от духовенства и мирян, избираемых по четыре человека от тех и других от каждого округа, число которых изменяется сообразно росту числе всех епископалов. Оно должно созываться один раз в три года, основной функцией последнего является выработка церковных законов и правил. Также оно имеет право решать канонические и дисциплинарные вопросы церковной жизни. Каждый округ в собрании имеет один голос; дела решаются большинством голосов. 2) Окружные собрания имеют право быть созваны один раз в год для рассмотрения вопросов местной церковной жизни. При каждом округе имеется исполнительный комитет, который приводит в исполнение решения собрания и действует в период между собраниями. 3) Округ состоит из нескольких приходов, в каждом имеются свои «советы», которые занимаются текущими делами приходов и избирают депутатов в окружные собрания. Члены этого совета (числом не больше 10) избираются в течение пасхальной недели прихожанами. Двое членов совета избираются в церковные хранители – один духовенством, другой мирянами. Сам совет из своей среды избирает казначея, секретаря и депутатов для окружного собрания. Совет заведует всем церковным имуществом и денежными делами церкви, назначает и выплачивает жалованье пресвитеру; подбирает кандидатов для замещения вакантных должностей.