Поводом стал отказ его утвердить настоятелем храма Святозерского прихода «поддерживаемого беднейшим крестьянством» священника Иоанна Почезерского, ранее запрещённого Синодом в священнослужении. Вызванный на допрос в ЧК Евфимий заявил, что назначение священников является внутренним делом церкви. 15 марта 1922 г. на заседании Комиссии помощи голодающим отказался подписать обращение к духовенству и прихожанам об изъятии церковных ценностей, сославшись на отсутствие указаний на то от патриарха Тихона. В связи с этим фактом появилась заметка в журнале «Наука и религия», сопровождавшаяся карикатурой на Евфимия. Впоследствии эта заметка стала одним из оснований обвинительного заключения против епископа. В мае-июне 1922 г. находился в Москве и Петрограде. За время его отсутствия в Петрозаводске сформировалась инициативная группа «Живой церкви». 13 июля обновленцами было созвано общее собрание приходских советов. Приглашённый туда Евфимий заявил, что «не может сказать больше, чем прихожане сами знают», после чего покинул собрание. 18 июля состоялось открытое заседание особой сессии народного суда при Совете народных судей Карельской трудовой коммуны по обвинению Евфимия в «дискредитировании советской власти» в связи с событиями вокруг Святозерского прихода. Судьи поддержали доводы Евфимия, что «назначение духовенства на священнические места и вообще все недоразумения между духовенством за отделение церкви от государства находятся в ведении епархиальной власти, а не гражданской»; епископ был оправдан за недоказанностью предъявленного обвинения. 19 июля указом обновленческого Высшего церковного управления Евфимий был уволен на покой «в целях облегчения церковно-революционного движения». 2 августа 1922 г. в Петрозаводске состоялся крестный ход к часовне пророка Илии, организованный священниками Александро-Невской церкви Василием Хазовым и Георгием Гумилёвым. Во время проповеди у часовни ими были сказаны предупредительные слова против обновленцев. В ночь на 5 августа Евфимий был арестован вместе со священниками Георгием и Василием, а также с мирянами братьями Валентином и Семёном Подколзиными, которые раньше активно выступали против обновленцев и, кроме того, во время кампании по изъятию церковных ценностей предлагали заменить их собранными прихожанами драгоценностями. Все арестованные содержались при комендатуре Карельского областного политического управления. Евфимию было предъявлено обвинение, что он «вносил тормоз в сдаче церковных ценностей и посредством духовенства вёл агитацию среди населения».