Не позднее 9 июля 1651 г. мощи были перенесены в эту церковь, которая наполнилась дымом, исходившим от гробницы святого. Впоследствии клирики храма видели, что от тепла, идущего от гроба Евфимия, церковная стена и часть гроба с покровом индевели, «аки снег». В описи Михаило-Архангельского монастыря 1676 г. указывается, что гробница Евфимия стояла в церкви с правой стороны. Патриарх Никон, направлявшийся в 1652 г. за мощами митрополита Филиппа в Соловецкий в честь Преображения Господня монастырь, слушал молебен в церкви Происхождения честных древ Креста Господня. Почитание Евфимия было запрещено Холмогорским архиепископом Афанасием в 1683 г. в целях борьбы с распространением старообрядчества: пальцы десницы святого были сложены для крестного знамения двуперстно, на иконе Евфимий также был изображён с двуперстным сложением (незадолго до этого, в 1677–1678 гг., патриарх Иоаким по той же причине отменил установленное в 1650 празднование княгине Анне Кашинской). Кроме того, обращалось внимание на тот факт, что мощи святого нельзя было уверенно связать с игуменом Евфимием, настоятелем Михаило-Архангельского монатыря. Архиепископ Афанасий вывел церковь Происхождения честных древ Креста Господня из ведения Михаило-Архангельского монастыря, приписав её к городскому собору. При перестройке храма (двухпрестольная церковь стала однопрестольной в честь Чуда архангела Михаила в Хонех) место погребения Евфимия было скрыто. В 1684 г. решётка от гроба Евфимия находилась в архиерейском доме в Холмогорах (возможно, это обстоятельство дало основание некоторым исследователям считать, что и «мощи святого покоились в Троицком храме города Холмогор»). В начале 1720 гг. вместо обветшавшего Михаило-Архангельского храма была построена деревянная трёхпрестольная церковь (престолы: в честь Чуда архангела Михаила в Хонех, во имя великомученицы Екатерины, в честь Тихвинской иконы Божьей Матери), сгоревшая 4 июля 1738 г. В 1743 г. на её месте возвели каменную церковь. В конце XIX в. было записано местное предание, повествующее о том, что когда в 1860 гг. в храме ремонтировали помост, то под полом в левом приделе нашли гроб, который не подвергся тлению, гроб оставили в земле. Михаило-Архангельский храм не сохранился. С конца XVII в. этот Евфимий отождествлялся с Евфимием Корельским (впервые – в Описании о российских святых; сочинение известно в списках XVIII–XIX вв.). В изданиях XIX в. это отождествление стало общепринятым. Для такой точки зрения есть серьёзные основания. Преподобный Евфимий Корельский преставился, как полагают исследователи, в начале XVI в. (не исключено, что в 1527 г.). Последнее место его подвигов – Корельский во имя Николая Чудотворца монастырь – расположено недалеко от Михаило-Архангельского монастыря, куда преподобный Евфимий мог перейти в конце жизни. В Николо-Корельском монастыре неизвестна гробница преподобный преподобного Евфимия. Первая икона Евфимия была написана после освидетельствования его мощей.