Чудо 3 – о спасении корзин со светильниками. Ефрем, сын племянника игумена монастыря Евгения Феодосия, вёз из Константинополя купленные для монастыря стеклянные светильники. Проплывая по Чёрному морю мимо Пафлагонии, судно попало в сильный шторм. Капитан приказал выбросить за борт светильники. И шторм тут же прекратился. Вся команда молилась Евгению о спасении. Когда судно уже было на значительном расстоянии от того места, где были выброшены корзины, они с неразбившимися светильниками оказались плавающими рядом с кораблём (о доставке светильников в монастырь рассказывается также в Чуде 16). Чудо 4 – о кровоточивой женщине. Евморфия, жена спафарокандидата Евстратия, страдала сильными кровотечениями. Не получив помощи от врачей, она пришла в храм помолиться Евгению. Ночью она увидела Акилу с корзиночкой, покрытой белой салфеткой. Там было пять сухих смокв: две от Евгения и по одной от Кандида, Валериана и Акилы. Вложив две смоквы ей в рот, Акила повелел съесть также остальные и выпить святой воды. Исцелившись, Евморфия дала обет сделать вскорости светильник из своих золотых украшений, полученных от жениха на смотринах, и повесить над ракой Евгения. Но выполнение обета откладывалось, т.к. часть украшений была отдана родственнице на свадьбу. В день свадьбы у Евморфии началось сильнейшее кровотечение. Тогда Евстратий собрал все украшения, отнёс в монастырь и отдал монахам для изготовления светильника – и Евморфия исцелилась. Через несколько дней Евстратию явился Евгений и объяснил, что исцеляет он бескорыстно, однако неисполнение обета есть обман Святого Духа. Чудеса 5 (о Варваре) и 10 (о монахе Оресте и игумене Ефреме) повествуют об исцелении после молитв Евгению людей, случайно проглотивших вместе с водой пиявок. Чудо 6 – о пропавших лошадях. Однажды летом игумен Ефрем, монахи Орест и Стефан и конюхи с лошадьми возвращались в монастырь Евгения из-под Пайперта. В местечке Какуи, где они заночевали, дикие звери спугнули лошадей, и те убежали в горы. Ефрем молился о пропавших животных, и во сне ему явился Евгений, который сообщил, что лошади находятся в церкви святого Захарии на Катунийской горе. Там лошади и были найдены. Чудо 7 – о землетрясении и мироточении. 21 января, в день памяти Евгения, множество людей собралось в храме, как вдруг произошло сильное землетрясение, яркое свечение на небе и повсюду разнеслось благоухание. Архиепископ Трапезундский Феодор объяснил пастве знамения, свидетельствовавшие о присутствии в храме самого Евгения. В тот же день из четырёх колонн кивория над престолом обильно вытекло на пол миро. С тех пор каждый год в день памяти Евгения истекало миро, которым исцелялись различные болезни.