При этом Евстратий в отличие от своего предшественника признаёт Святого Духа исходящим от Отца «через Сына». Во втором произведении по тому же вопросу автор приводит рассуждения патриарха Фотия, согласно которым всё сказанное о Троице относится либо к Её единому естеству, либо только к одной из Ипостасей. Евстратий первым из византийских полемистов рассматривал сошествие Святого Духа на Иисуса Христа при крещении как довод против латинского учения. В двух тогда же написанных «Словах об опресноках» Евстратий доказывал, что Моисеевы установления не являются единственными «элементами» позднейшего христианского благовествования, поскольку Новый Завет не сводится к простому повторению законов Моисея. Автор также указывал на несовершенство ветхозаветных образов, обретающих полноту истины только с приходом на землю Сына Божия. «Латинян» Евстратий уподобляет «армянам-теопасхитам» (приверженцам осуждённого Римским собором 862 г. мнения, согласно которому вместе с человеческой природой на кресте пострадало Божество Христа) – Арию и Аполлинарию. Последние, по мнению Евстратия, утверждали, что Христос был зачат без человеческой души. Основываясь на сочинении богослова V–VI вв. Иоанна Филопона, Евстратий доказывает, что Тайная вечеря Иисуса перед распятием состоялась до празднования ветхозаветной Пасхи. Другое сочинение против латинян Евстратий написал в связи с прибытием в Константинополь Медиоланского архиепископа Петра Гроссолана. В беседе с ним, записанной Евстратием, указывается на отсутствие каких-либо упоминаний о Filioque в Священном Писании и в решениях Соборов, а также на ряд соображений, приписываемых Фотию (например, опасность смешать Божественные Лица). В «Слове о Всесвятом Духе» Евстратий ставит оппоненту ряд вопросов: Третья Ипостась происходит от Двух других первично или вторично, «сама по себе» или «акцидентально», «силой» или «действием», от «одиночных» причин или нет? Он обращается к соображениям метафизического и математического порядка и описывает внутритроичные отношения как взаимосвязь между тремя «начальными монадами», используя в качестве сравнения переход единицы в двойку в ряду чисел и образ равнобедренного треугольника. В отличие от своих более ранних высказываний Евстратий теперь пишет, что Третья Ипостась только даруется людям посредством Божественного Логоса, но не существует через Него. Самым объёмным сочинением Евстратия против латинян является «Опровержительное слово» против Петра Гроссолана.