С левой стороны – библиотека, включавшая более 400 томов «древнепечатного искусства, богослужебных и церковно-учительных, представлявших библиографическую редкость» (XVII–XX вв.), среди которых: Устав церковный. М., 1682 г.; Евангелие с толкованием Кирилла Транквиллиона. М., 1696 г.; Евангелие воскресное. М., 1697 г.; Библия. СПб., 1751 г.; «Камень веры» митрополита Стефана (Яворского). М., 1730 г.; Апостол. М., 1770 г.; Жезл правления. М., 1774 г. Здесь же хранился и монастырский архив. В описи ризницы 1911 г. значились: три престольных серебряных ковчега, серебряная дарохранительница, пять литургических сосудов, пять напрестольных Евангелий, украшенных серебром с финифтью, восемь серебряных напрестольных крестов, четыре серебряных кадила, десять серебряных лампад, серебряный архимандритский жезл. С 1912 г. часть фондов древлехранилища Елецкого монастыря размещалась в домике священника Иоанна Жданова. Первым настоятелем восстановленного в 1836 г. монастыря стал архимандрит Флавиан (1836–1861 гг.), в его подчинении числилось 12 насельников. По свидетельству иеромонаха Геронтия, «в течение более 20 лет настоятельства он почти не обращал внимания на благоустройство вверенной ему обители… При его управлении царили буквально скудость и нищета во всём». Возглавлявший с 1861 г. Елецкий монастырь архимандрит Дионисий (ум. в 1865 г.) ввёл еженедельное чтение акафиста перед Тихвинской иконой Божьей Матери. При архимандрите Дионисии численность братии выросла с 12 до 80 человек. В 1865 г. епископ Орловский и Севский Поликарп (Радкевич) объявил благодарность Дионисию за усердие в благоустройстве обители. Архимандрит Флорентий (ум. в 1882 г.), один из самых деятельных настоятелей, в 1870 г. был награждён орденом св. Анны второй степени, а в 1876 г. – св. Владимира четвёртой степени. Находясь проездом в Ельце и заехав в Елецкий монастырь заказать молебен перед чудотворной Тихвинской иконой, Лев Николаевич Толстой стал свидетелем такой сцены: братия во главе с архимандритом Флорентием носила кирпичи и другой строительный материал. На восклицание писателя: «Отец настоятель, Вам бы нужно пожалеть хоть певчих, ибо у них от известковой пыли может утратиться голос!» – архимандрит Флорентий шутя ответил: «При труде ничто вредно не влияет, а напротив, находясь под открытым небом и в движении, голос их будет и звучнее, и чище». В 1877 г. архимандрит Флорентий был уволен на покой и скончался в Елецком монастыре, приняв схиму с именем Антоний. После архимандрита Димитрия (1877–1880 гг.) и игумена Иосифа (1881 г.) Елецким монастырём управлял архимандрит Авель (ум. в 1893 г.), который в 1891 г. начал ремонт монастырских построек, обновил фасады и интерьеры храмов. Архимандрита Никодима (Нефёдова; 1893–1904 гг.) сменил игумен Димитрий, получивший в 1906 г. статус наместника (с учреждением викариатства Елецкие архиереи стали управлять Елецким монастырём в качестве настоятелей до его закрытия).