Левее образа великомученика Пантелеимона находился серебряный ковчег с частицами мощей (в виде напрестольного позолоченного креста), привезённый из брянского Петропавловского монастыря. В другом серебряном ковчеге (1888 г.) хранились частицы ризы Пресвятой Богородицы и мощей: мученика Нестора, великомученика Феодора Тирона, мученика Ипатия, великомученика Артемия, мученика Стефана, мученика Меркурия, Сергия Радонежского, мученика Аристарха, мученика Прокопия, мученика Кириака, мученика Евстафия Плакиды, мученика Наркиса, мученицы Христины, священномученика Антипы, святителей Иоанна Златоуста, Василия Великого и Григория Богослова, князя Константина и чад его благоверных Михаила и Феодора Муромских, святителей Авраамия, Исаии и Леонтия Ростовских, Митрофана Воронежского и Тихона Задонского, имелись непоименованные частицы. В третьем, позолоченном ковчеге хранились частицы мощей святителей Митрофана Воронежского, Тихона Задонского и великомученика Пантелеимона, в четвёртом, медном посеребренном ковчеге – частицы мощей князей Михаила, Феодора и Константина Муромских и великомученика Пантелеимона. В 1912 г. Елецкому монастырю была пожертвована икона Иоасафа Белгородского с частью его облачения. В примыкавшей к Троицкому собору Космодамиановской церкви находились чтимые Иверский образ Божьей Матери (на чугунной доске, которую несли перед гробом священника Иоанна Жданова в день похорон в 1824 г.), иконы «Умягчение злых сердец» (из дома Жданова, пожертвованная в 1877 г. его родственниками), Иоанна Златоуста и Игнатия Богоносца; изготовлена в 1879 г. усердием епископа Нижегородского Иеремии (Соловьёва). Посреди Космодамиановской церкви находилась могила, над ней деревянное надгробие, на котором медная посеребренная доска с рельефным изображением подвижника во весь рост в священническом облачении. У гроба священника Иоанна Жданова совершались исцеления болящих. К 2008 г. все святыни Елецкого монастыря были утрачены. У северной стены алтаря Троицкого собора находилась могила архимандрита Димитрия; восточнее – могилы духовников Елецкого монастыря иеромонахов Иоанникия и Венедикта (Смирнова), а также иеродиакона Климента, племянника священника Иоанна Жданова. Возле алтарей Троицкого и Тихвинского соборов были погребены почётные граждане Ельца, представители известных городских семей Талдыкиных, Петровых, Калабиных, Поповых, Ростовцевых, Горшковых, Криворотовых, Русановых, Кожуховых, Хренниковых, Лопатиных. К лету 1922 г. многие могилы были уничтожены. Ризница, архив и библиотека размещались в притворе Троицкого храма. С правой стороны находились облачения и богослужебная утварь.