И.В. Шапошников обещал достроить в обители каменный храм во имя Святой Троицы с приделами Казанской иконы Божьей Матери и св. Евдокии «на западной окраине города близ начатого им же нового кладбищенского храма», пожертвовать колокол, а также выделить из собственных средств 30 тыс. руб. на строительство. После смерти он обязал супругу завершить начатое дело. Городского голову поддержали купцы Хренниковы, П.Ф. Шилов, А.С. Кожухов, К.Н. Желудков, М.И. Криворотов, священник Лука Ефремов и др. Город выделил 16,3 га земли под территорию нового монастыря. В 1823 г. епископ Орловский Гавриил (Розанов) внёс в консисторию предложение «о перемещении Петропавловского монастыря из Брянска в Елец, если ельчане не переменили своего намерения». В 1825 г. елецкий предводитель дворянства, губернский архитектор, городничий, голова, стряпчий и землемер осмотрели строящуюся кладбищенскую церковь, богадельню и предназначенную под монастырь землю. В апреле 1826 г. члены консистории «дозволили» устройство в Ельце трёхклассного монастыря с переводом в него брянской обители. В сентябре 1830 г. император Николай I утвердил предложение Синода о построении в Ельце монастыря «с наименованием онаго Троицким» с переводом в него братии брянского Петропавловского монастыря. Перед смертью Е.Ф. Шапошникова пожертвовала в Троицкий храм напрестольные и священнические облачения и книги всего церковного круга. В июне 1832 г. купцы П.А. Талдыкин и А.А. Калабин «просили о дозволении окончить им постройку монастыря в соответствии с волей их покойной тётки». Кроме Троицкой церкви были выстроены настоятельский и братский корпуса, дома для казначея и эконома, здания кухни и трапезной, хозяйственные службы, ограда, первый ярус колокольни, больница, прачечная. В июне 1835 г. новый настоятель брянского монастыря архимандрит Филарет писал епископу Орловскому и Севскому Никодиму (Быстрицкому), что «приступить к переведению братии… по настоящему летнему времени весьма удобно; для жительства братии келии, кухня и трапезная совершенно устроены». Согласно описанию 1691 г., Елецкий монастырь имел стену «в забор» (92×48,3 м), каменную колокольню и две деревянные церкви: Троицкую (40×15 м) и Петропавловскую (14,7×8,5 м; Российский государственный архив древних актов). В XIX в. на месте бывшего монастыря находился странноприимный дом-богадельня, основанный купцом В.С. Русановым. «Каменные ворота да часовенка в виде каменного столба на месте святого престола Троицкого храма» были единственными постройками прежней обители, сохранившимися до начала ХХ в. Двухметровая часовня-столб, покрытая четырёхскатной кровлей, завершалась восьмиконечным крестом, по бокам имелись ниши с иконами и лампадами. Торжественное открытие на новом месте Елецкого монастыря и освящение Троицкого собора совершил 6 сентября 1836 г. епископ Никодим (Быстрицкий).