Поселившиеся в обители коммунары притесняли братию, на монастырском кладбище сломали памятники, а колокольню превратили в отхожее место. В августе 1919 г., во время захвата Ельца войсками генерала Константина Константиновича Мамонтова, с колокольни Елецкого монастыря члены коммуны обстреляли белоказаков, а затем захватившие город мамонтовцы расстреляли у стен монастыря несколько коммунаров. К сентябрю 1920 г. храмы Елецкого монастыря обращены в приходские, монахов разогнали. Тихвинский храм был полностью передан первой коммуне для организации в нём школы. Передачу здания 16 февраля 1922 г. утвердил Елецкий уездный исполком. Однако решение о том, чтобы «оставшуюся одну церковь передать обществу верующих… изолировав от коммуны», для чего предполагалось построить забор посреди обители, не было исполнено. В феврале 1922 г. в Тихвинской церкви устроили склад. Часть утвари из храмов Елецкого монастыря была передана в Вознесенский собор, некоторые иконы поступили в собрание Елецкого городского музея: в феврале 1922 г. – живописный портрет старца Илариона Троекуровского (1828 г.), в 1923 г. – икона великомучениц Варвары и Параскевы Пятницы. Местонахождение других святынь неизвестно. Монастырские строения разрушались. После 1945 г. сохранившиеся здания Елецкого монастыря принадлежали совхозу «Елецкий». 27 июня 1963 г. Тихвинская церковь в аварийном состоянии была передана на баланс Елецкого горсовета. 18 октября того же года решением Липецкого облисполкома все постройки Елецкого монастыря общей балансовой стоимостью 25 758 руб. были переданы тресту «Елецстрой», включая жилой дом (бывший телятник), склад (бывший храм), овощехранилище, склад (бывшую пекарню), подвалы под пекарней, кузницей, церковью, водонапорную башню (бывшую колокольню), ограду, гараж в ограде и кузницу. В 1965 г. был взорван Троицкий храм, в 1969 г. – Тихвинский. Впоследствии территорию Елецкого монастыря занимала автобаза №4, в братском корпусе и пристроенной к нему Пантелеимоновской церкви были устроены квартиры. С 2004 г. по благословению епископа Липецкого и Елецкого Никона (Васина) систематизируются исторические сведения и документы, готовится восстановление обители, осуществляется перевод автобазы на другую территорию.