Тем не менее, оно отражает факты периодических нападений бедуинов на монахов. На Синае сложилось местное почитание мучеников, павших от рук язычников-бедуинов. В VI в. делегация синайских монахов обратилась к императору Юстиниану I с просьбой построить на Синае укреплённый монастырь для защиты иноков от кочевников. Повествование о строительстве обители, первоначально названной во имя Пресвятой Богородицы, сохранилось у двух средневековых авторов. Современник Юстиниана Прокопий Кесарийский в трактате 553–555 гг. «О постройках» подчёркивает военное значение монастыря, призванного оградить провинцию Палестина Третья от набегов бедуинов. Исследователи высказывали мнение, что более достоверна версия основания обители, изложенная Евтихием (Саидом ибн Битриком), Александрийским патриархом (933–940 гг.), которая, впрочем, тоже не лишена легендарных наслоений. По его словам, император Юстиниан отправил на Синай чиновника, который выстроил церковь в Аджруде у Суэцкого залива, монастырь Иоанна Предтечи в Раифе и монастырь Неопалимой Купины у подножия горы Синай. Идея строительства монастыря на вершине одного из отрогов этой горы, где Моисей получил скрижали завета, была отвергнута из-за неподходящего рельефа местности и отсутствия источников воды. Кроме того, монахи полагали, что Неопалимая Купина, включённая теперь в монастырскую ограду, драгоценнее для христианина, чем вершина горы Синай. На вершине же была возведена небольшая церковь в честь Преображения Господня или, по другим данным, Святой Троицы. Однако местоположение монастыря, находившегося в долине между горами, было признано Юстинианом неудачным. Со склона соседней горы святой Епистимии простреливался внутренний двор обители. По преданию, разгневанный император приказал казнить архитектора, а на Синай послал другого чиновника. Ему было приказано взять с собой сотню рабов из Фракии с семьями, ещё сотню человек из Египта и поселить их рядом с монастырём для его обслуживания и охраны. Монастырские «рабы», или «невольники» (впоследствии турецкие «джабалие»), были размещены к востоку от обители в укреплённой деревне (впоследствии Дейр-эль-Абид). Наместнику Египта предписывалось выделять на содержание монастыря по три фунта с каждого модия пшеницы, проходящего через египетские таможни. Современные стены монастыря, сложенные из крупных блоков красного гранита, базилика Преображения Господня и ряд других построек обители восходят к VI в. Строительство базилики было завершено между 548 и 565 гг. Надпись на одной из ее балок сообщает имя архитектора Стефана из Айлы (ныне Элат, Израиль). Монастырское предание приписывает Юстиниану возведение в епископский сан игумена монастыря и дарование монастырю великомученицы Екатерины особых привилегий. Попытки исследователей связать эти события с Константинопольским (536 г.) или пятым Вселенским собором (553 г.) не находят подтверждения в источниках.