Чтобы показать, насколько серьёзны её намерения вести монашеский образ жизни, она остригла себе волосы, что привело в ярость её мать: она лишила дочь возможности уединяться для молитвы, наказав всем домашним не оставлять девочку одну и по возможности загружать её работой. Согласно Житию, именно под влиянием этих обстоятельств Екатерина Сиенская осознала, что в душе каждого человека есть особая «тайная келья», куда в любой момент можно «удалиться» и обрести Бога. Она объявила семье, что до конца жизни готова быть служанкой родным при условии, что её больше не будут принуждать к замужеству, поскольку она уже избрала Иисуса Христа своим Женихом. Отец, видя серьёзность намерений дочери, запретил кому-либо из домочадцев вмешиваться в её духовную жизнь и обещал всячески поддерживать её. В 1363 г. Екатерина Сиенская вступила в конгрегацию Сестёр покаяния св. Доминика (Sorores de poenitentia B. Dominici), религиозное сообщество, членам которого разрешалось вести монашеский образ жизни вне монастыря и носить чёрно-белое одеяние доминиканцев (см. Терциарии). Последующие четыре года Екатерина Сиенская редко выходила из комнаты и лишь для того, чтобы присутствовать на богослужениях, разговаривала только с исповедовавшим её священником. Она утверждала, что в комнате во время молитвы её учит Сам Христос; время, когда она не общалась с Богом, она, по её словам, проводила в борьбе с нечистыми духами. Согласно Житию, в 1367 г. ей явился Христос, Который звал её выйти из затвора, побуждая принять участие в жизни семьи, общины и города. Несмотря на нежелание терять, как ей казалось, исключительное общество своего возлюбленного Жениха (Екатерина Сиенская считала, что она мистическим образом «обручилась» с Христом и носит на пальце видимое лишь ей обручальное кольцо), она решила следовать Его зову с тем же рвением, с каким прежде предавалась покаянию и молитве в уединении. Екатерина Сиенская посвятила себя заботе о немощных в различных больницах Сиены. Во время эпидемии чумы 1374 г. самоотверженно ухаживала за заболевшими. Трудности она воспринимала как способ отречения от себя и умерщвления плоти. Изнуряющая активность и отсутствие достаточного времени для медитаций порой были поводом для обращений ко Христу с вопрошением: «Где же Ты, Господи?» – на что Иисус, по словам Екатерины Сиенской, всегда отвечал: «Здесь, среди тех, кому ты помогаешь». По мере того как весть о благочестии Екатерины Сиенской распространялась среди горожан Сиены, её стали приглашать в качестве посредницы между враждующими семьями. Чтобы отвечать на просьбы о помощи, которые поступали и из других городов, она начала диктовать письма (писать научилась почти в 30 лет). Вокруг Екатерины Сиенской собрались сторонники из разных слоёв общества: мужчины и женщины, монахи и миряне, молодые и пожилые, многие из них называли её «мамой», несмотря на то, что ей едва исполнилось 20 лет.