Ещё большую активность демонстрировали миссионеры протестантских церквей, чьи управляющие центры находились за пределами России (прежде всего, в США). Зачастую проповедь иностранных миссионеров совмещалась ими с раздачей гуманитарной помощи. К концу 1990 гг. в РФ были зарегистрированы 26 организаций других евангелических церквей и 185 организаций пресвитерианской церкви. Методистская церковь увеличила присутствие в России с двух организаций в 1990 г. до 67 в 1999 г. Если раньше протестантские конфессии на территории РФ были представлены, в основном, этническими группами немцев и народов Прибалтики, то в 1990 гг. активная миссионерская деятельность, преимущественно иностранных проповедников, была направлена, прежде всего, на основное население российских городов. Напротив, численность традиционно замкнутых и избегавших внешнего миссионерства меннонитских общин в 1990 гг. резко сократилась – с 38 до 6. Значительно увеличилось число зарегистрированных организаций евангельских христиан-баптистов – с 602 до 850, адвентистов – со 120 до 368, пятидесятников – с 72 до 598 (с неопятидесятническими объединениями – более 700). Более 1 тыс. религиозных организаций в 1999 г. причисляло себя к «другим церквам и объединениям», часто псевдохристианского характера. За 1990 гг. число зарегистрированных исламских организаций увеличилось с 870 до 3098. Наиболее значительными объединениями российских мусульман были возглавляемое имамом Талгатом Таджуддином Центральное духовное управление мусульман России и европейских стран СНГ (ЦДУМ) и выделившееся в 1994 г. из ЦДУМ Духовное управление мусульман Центрально-Европейского региона; ДУМЦЕР, с 1999 г. – Духовное управление мусульман Европейской России (ДУМЕР) под руководством имама Равиля Гайнутдина. Значительная часть мусульманских общин входила в самостоятельные региональные объединения. Развитие ислама как одной из основных традиционных религий России получало поддержку со стороны Российского государства. Так, в июне 1996 г., во время визита в Казань, Б.Н. Ельцин принял решение о выделении значительных государственных средств на строительство крупнейшей в Европе мечети Кул-Шариф (открыта в 2005 г., к празднованию 1000-летия Казани). В 1990 гг. наряду с оказанием помощи в строительстве мечетей, создании исламских образовательных центров зарубежные исламские организации нередко культивировали формы, чуждые для российского ислама, что приводило к росту внутриконфессиональной напряжённости, прежде всего, на Северном Кавказе. В концу 1990 гг. власти нескольких северокавказских республик приняли меры по запрету у себя фундаменталистского религиозного течения ваххабизм, сторонники которого оказались причастными к террористической деятельности. Число зарегистрированных иудаистских религиозных организаций за 1990 гг. выросло с 31 до 130.