20 апреля 1993 г., незадолго до общероссийского референдума о доверии президенту, состоялась встреча Б.Н. Ельцина с главами основных российских конфессий, после которой 23 апреля Б.Н. Ельцин подписал распоряжение Правительству РФ «О передаче религиозным организациям культовых зданий и иного имущества», ставшее основой для массового возвращения верующим храмов и молитвенных зданий. В условиях политического кризиса задачей церкви было, прежде всего, предотвращение вооружённых столкновений между противоборствующими сторонами. Во время событий сентября-октября 1993 г. священноначалие РПЦ прилагало много усилий для мирного разрешения конфликта. 30 сентября состоялась встреча Б.Н. Ельцина с патриархом Алексием II, предложившим от имени церкви любую помощь, чтобы противостояние соотечественников не привело к трагическим последствиям. Была достигнута договорённость об организации при посредничестве патриарха в московском Даниловом монастыре встречи представителей президента и Верховного Совета. Патриарх обратился с воззванием к россиянам, призывая людей избежать кровопролития. Переговоры, начавшиеся 1 октября в патриаршей резиденции в Даниловом монастыре, на следующий день привели к подписанию первого согласительного документа, положения которого, однако, не были реализованы из-за эскалации вооружённого противостояния. Миротворческий потенциал традиционных конфессий был использован Б.Н. Ельциным, который провозгласил курс на примирение и согласие в обществе, когда в апреле-мае 1994 г. по его инициативе ведущие политические силы страны, общественные объединения и религиозные организации, а также представители субъектов РФ подписали Договор об общественном согласии, призванный обеспечить внутриполитическую стабильность и дальнейшее продвижение по пути демократических реформ. Важную роль в последующем развитии государственно-конфессиональных отношений сыграли соглашения о сотрудничестве между органами исполнительной власти и конфессиями. Первые соглашения были заключены между РПЦ и некоторыми федеральными министерствами (Министерством обороны и Министерством культуры – в 1994 г., Министерством внутренних дел, Министерством социальной защиты и Министерством здравоохранения – в 1996 г., Министерством образования – в 1999 г.). Подобные соглашения заключались также между государственными учреждениями и религиозными объединениями мусульман, иудеев и буддистов – первоначально, в основном, на региональном уровне. Для обеспечения реализации принятых решений о поддержке конфессий, зарегистрированных на территории России, при Правительстве РФ 9 июля 1994 г. была создана Комиссия по вопросам религиозных объединений, в состав которой вошли как представители министерств и ведомств, так и основных конфессий.