В 1076 г. эмир Дамаска вышел из повиновения Фатимидам и призвал на помощь турок-сельджуков. В 1079 г. эмир Тутуш, брат сельджукского султана, установил власть над всей Сирией. В 1095 г. после его смерти сирийские земли разделили между собой его сыновья. Дамаск стал владением эмира Дукака (1095–1104 гг.), которому приходилось отражать нападения со стороны Фатимидов, багдадских Сельджукидов и крестоносцев. Реальная власть над Дамаском в этот период была сосредоточена в руках Тугтегина, прежнего воспитателя (атабека) эмира. После пресечения рода Дукака Тугтегин стал единственным хозяином Дамаска и основал династию Буридов, правившую городом до 1154 г. В XII в. военно-политическое положение Дамаска, служившего связующим звеном между Египтом и мусульманской Сирией, было весьма сложным. Крестоносцы из Иерусалимского королевства угрожали земледельческой округе Дамаска – Хаурану и долине Бекаа, а в Северной Сирии у Буридов появился опасный соперник в лице династии Зенгидов, центр владений которых находился в Халебе. В противоборстве с ними Буриды не раз прибегали к союзу с крестоносцами. В 1148 г., во время второго Крестового похода, крестоносцы попытались захватить Дамаск, осадив город. Это заставило просить помощи у Зенгидов и привело, в конечном счёте, к установлению в Дамаске власти зенгидского эмира Халеба Нур ад-Дина. При нём Дамаск снова стал столицей обширного государства, охватывавшего всю Сирию. После смерти Нур ад-Дина в 1174 г. и непродолжительной борьбы его преемника с бывшим вассалом Зенгидов египетским султаном Салах-ад-Дином Дамаск и Сирия перешли под власть Салах-ад-Дина, основателя династии Айюбидов. Объединив мусульманский Ближний Восток, он нанёс решительное поражение крестоносцам в битве при Хаттине (1187 г.), овладел Иерусалимом и отразил третий Крестовый поход. В 1193 г. султан умер и был похоронен в Дамаске. Сыновья и брат Салах-ад-Дина разделили его владения. Хотя политическим центром Айюбидов остался Каир, Дамаск сохранял своё значение. В первой половине XIII в. он не раз переходил из рук в руки в ходе междоусобной борьбы различных ветвей Айюбидов. С XII в. начинается быстрый экономический подъём Дамаска, появляются сведения об архитектурных работах в цитадели, строительстве мечетей. К северу и югу от укреплённой территории Дамаска возникли плотно застроенные пригороды Эль-Укайба и Шагур. Город стал интеллектуальным центром исламского мира и суннитской ортодоксии, противостоящим фатимидскому шиизму и крестоносцам. Именно дамасские богословы в первых десятилетиях XII в. несли в массы идею общемусульманской солидарности перед лицом крестоносцев и наступательного джихада, который сделали своей политической программой Нур ад-Дин и Салах-ад-Дин. Проявлением суннитского возрождения стало массовое строительство в Дамаске религиозных школ медресе. Первая была основана в 1098 г.; к концу XII в. их было 20, ещё через столетие – свыше 80. Также быстро росла численность мечетей: к 1174 г. свыше 400 внутри и вне города, хотя больше половины из них не имели постоянного штата служителей. Важной чертой архитектурного облика Дамаска стали мавзолеи-усыпальницы зенгидской и айюбидской знати, а также госпитали-маристаны, совмещённые с медицинскими школами. После землетрясений и осад неоднократно отстраивались стены города и цитадели.