В основе работ Н.Н. Дурново по исторической лингвистике лежит понимание языкового развития как преобразования одной системы в другую. Изменение системы языка он рассматривал в контексте влияния на язык социо-культурных факторов. Используя системный подход при исследовании древнейших восточнославянских рукописей, Н.Н. Дурново заложил методологические основы лингвистического анализа древних памятников письменности. В 1920 гг. исследовал и описал «большую часть рукописей московских рукописных собраний, которые исследователи относят к XI и первой половине XII в. ...и некоторые рукописи второй половины XII в., более архаичные по своему письму». Полученные результаты были обобщены в статье «Русские рукописи XI и XII вв. как памятники старославянского языка». Обзор 280 памятников XI–XVIII вв., в основном, восточнославянского происхождения, с указанием их диалектной принадлежности и с жанровой классификацией был представлен Н.Н. Дурново в первой главе книги «Введение в историю русского языка». Он считал методологически неправильной сложившуюся практику лингвистического анализа письменных источников, когда из рукописей извлекались отдельные примеры, предположительно отражающие живое произношение писцов, при этом не учитывались нормы литературного языка и правописания, которыми руководствовались писцы. По мнению Н.Н. Дурново, именно на выявление книжной нормы должно быть направлено основное внимание историка литературного языка. Говоря о факторах, определяющих орфографическую норму, Н.Н. Дурново подвергал критике подход, при котором рассматриваются лишь два параметра – влияние живой речи и протографов. По его мнению, «писцы вообще не стремятся к передаче своего личного произношения..., не менее ошибочно думать, что сколько-нибудь грамотные писцы стремились к точной передаче написаний своих непосредственных оригиналов». Орфография церковнославянского языка, по мнению Н.Н. Дурново, определяется, во-первых, усвоенным писцом набором орфографических правил и, во-вторых, особым «книжным, или церковным, произношением», которое является посредником между живым говором писца и письменным литературным языком. Новаторский характер имеет разработанная Н.Н. Дурново концепция старославянского языка («К вопросу о старославянском языке», «Мысли и предположения о происхождении старославянского языка и славянских алфавитов»). В отличие от господствовавшей младограмматической традиции, рассматривавшей старославянский язык как письменную фиксацию одного из древнеболгарских диалектов, он считал, что старославянский язык является языком литературным, следовательно, нормированным, и его «нельзя отождествлять с... индивидуальным языком или живым говором».