Однако глубинное развитие непременно завершается у Джакомо Бароцци де Виньолы в пределах самих композиций, всегда классически ясных и уравновешенных. Это резко отличает его творчество от произведений большинства маньеристов. Работая с Микеланджело и с представителями маньеризма, он сумел сохранить свой индивидуальный стиль, явственно различимый в его произведениях. В 1540 гг. Джакомо Бароцци де Виньола работал в Болонье над интерьером собора Сан Петронио и строил нечто вроде гостиного двора – портик о деи Банки. По решению городского Совета архитектор должен был объединить несколько старых зданий единым фасадом. Для этого Джакомо Бароцци де Виньола создал монументальную декорацию в виде двухэтажного сооружения. Нижний этаж представляет собой арочный портик, обработанный ордером. В двух местах арки повышены для того, чтобы избежать монотонности и акцентировать переулок. Несмотря на то, что при строительстве были допущены изменения проекта, портико деи Банки является одной из интереснейших построек своего времени. Ею была завершена многолетняя реконструкция главной площади Болоньи. Вилла папы Юлия III в Риме представляет собой небольшое сооружение, композиция которого развивается по продольной оси, состоит из немногих закрытых помещений и анфилады замкнутых дворов с портиками, укромным нимфеем с водоёмами и садом, связанных разнообразными переходами и лестницами, остроумно расположенными на уклоне участка. Она расположена за стенами города на Фламиниевой дороге. В сложном ансамбле, раскрывающемся зрителю в эффектной смене тонко рассчитанных, чисто сценических перспектив, получили дальнейшее развитие композиционные приёмы Браманте (Бельведер). Вилла поражает богатством аспектов, в которых предстают её элементы через сквозные портики или при переходе с одного уровня на другой, и неожиданным центром композиции во втором, развитом «по вертикали» трёхъярусном дворике с нимфеем в глубине. Что именно в этом ансамбле принадлежит Джакомо Бароцци де Виньоле, а что Вазари, приписывавшему себе (по-видимому, преувеличивая долю своего участия) общий план и устройство нижнего сада, или Амманати, который заканчивал постройку, – исследователям установить трудно. Во всяком случае, почерк Джакомо Бароцци де Виньолы ясно виден в цельности общего замысла и в главном павильоне с его строгим двухъярусным фасадом.  Одновременно с виллой и в непосредственной близости от неё, по другую сторону Фламиниевой дороги, Джакомо Бароцци де Виньола возвёл маленькую церковь, точнее ораторию Сант Андреа, с первым овальным куполом (закончена в 1554 г.). Одно из наиболее значительных произведений Джакомо Бароцци де Виньолы – замок Фарнезе в Капрарола близ Витербо с примыкающим к нему парком. Несмотря на то, что общий пятигранный контур сооружения был определён вместе с бастионами, заложенными ещё Перуцци в 1521 г., когда Капрарола перешла во владение Фарнезе, и на месте старой крепости намечалось поставить новое укрепление, а идея круглого двора принадлежит, как полагают исследователи, Антонио Сангалло Младшему, – именно Джакомо Бароцци де Виньола объединил все эти начинания в сложное, но вполне органичное целое.