На Соборе был затронут и важный вопрос о Стоглавом Соборе, постановления которого о двоеперстии, сугубой «Аллилуии», хождении посолонь и др. вошли в противоречие с преобразованиями патриарха Никона. Стоглавый Собор был объявлен «не Собором», а клятвы, произнесённые им на крестящихся не двоеперстно, разрешены. Правила Большого Московского Собора под названием «Предел освященного Собора» были окончательно подписаны 13 мая 1667 г. и опубликованы в московском издании Служебника 1677 г. Из-за продолжавшейся полемики вокруг двоеперстия была, в частности, деканонизирована (на Соборах 1677 и 1677–1678 гг.) княгиня Анна Кашинская, поскольку её мощи привлекались как аргумент сторонников двоеперстия (пальцы её десницы сложены двоеперстно). Она вновь была канонизована как местночтимая святая в 1818 г., как общецерковная – в 1908 г. Полемика о двоеперстии между противниками и сторонниками реформ, начавшаяся сразу после опубликования «Памяти» патриарха Никона, продолжается до настоящего времени, лишь немного изменяясь по форме, применяемым аргументам и тематике. Через неделю после обнародования «Памяти» члены кружка «ревнителей благочестия» протопопы Аввакум и Даниил подали царю Алексею Михайловичу выписки из разных книг о перстосложении и о поклонах. Впоследствии члены кружка «ревнителей благочестия», не принимавшие нововведений, по разным причинам подверглись опале и были сосланы, но продолжали учить по-старому, в частности, об истинности двоеперстия. В начале 1667 г. Григорий Неронов, осуждённый заочно соборным приговором 1656 г., примирился с патриархом Никоном и принял троеперстие, Никон же позволил ему служить по старым книгам; в письмах своим приверженцам Неронов восхвалял троеперстие. После удаления Никона от патриаршества в 1658 г. Григорий Неронов стал снова учить о двоеперстии (сначала тайно, а затем и явно), из-за чего был обвинён в расколоучительстве и вызван на Собор 1666 г., вновь оправдался и перестал учить о двоеперстии. До Соборов 1666–1667 гг. предводителями старообрядчества были написаны несколько сочинений в защиту старых обрядов, и в частности, двоеперстия; наиболее активными борцами за двоеперстие были протопоп Аввакум, бывший игумен московского Златоустовского монастыря Феоктист, романово-борисоглебский поп Лазарь и др. В пользу двоеперстия писал также Вятский епископ Александр. Протопоп Аввакум сопротивлялся церковным реформам со времени ссылки в 1653 г. в Тобольск и был одним из самых рьяных сторонников двоеперстия. В его многочисленных произведениях, написанных для наставления единомышленников, регулярно затрагивалась тема двоеперстия. О двоеперстии Аввакум говорил и перед казнью в 1681 г.: он показал народу сложенные двуперстно пальцы и произнёс: «Будете так креститься – не погибнете». На Соловках защитником двоеперстия выступил писатель Герасим Фирсов, его пространное сочинение «О сложении перстов» отличается от других полемических сочинений того времени довольно спокойным тоном изложения.