Уже находясь в ссылке, в послании к Секундину он дистанцируется от бывшего союзника и единомышленника Евтихия, осуждает утверждающих, «что святая плоть, которую наш Господь воспринял от Девы Марии действием Святого Духа так, как Он знает Сам, отлична от нашего тела и не соответствует ему», а в другом послании, к монахам монастыря Энатон близ Александрии, выдвигает на первый план двойной аспект жизни Христа, действующего как Бог и как человек. Однако Диоскор, утверждая, что придерживается мнения отцов, фактически отрицает халкидонскую «двухприродную» формулу и исповедует «Одного и того же Искупителя, нашего Господа и Бога, хотя и ставшего по домостроительству человеком». Мнение «разделяющих надвое Того, Кто един… хотя из-за сострадания к нам Он стал человеком», он отвергает как еретическое. Сохранились также две выдержки из этого послания на греческом языке. В духе «одноприродной» христологии Диоскор высказывается и во фрагменте из неизвестной работы, который сохранился на коптском языке: «Господь Иисус, Эммануил, наш Господь, никогда не был разделён во всех Своих делах; но только один Господь, только одна природа; Он имел лишь одну волю; и божество соединено с человечеством, как душа соединена с телом». В другом отрывке, осуждая Евтихия за его крайние взгляды на воплощение Христа, Диоскор отрицает различие между понятиями «природа» и «ипостась/лицо», введённое Халкидонским оросом. Сохранилось на коптском языке приписываемое Диоскору «Похвальное слово Макарию из Ткоу». В настоящее время этот рассказ о Халкидонском соборе признаётся подложным и датируется VI в. В «Истории Диоскора» Феописта содержится шесть анафематизмов против Халкидонского собора, составленных, как полагают исследователи, Диоскором. Их суть сводится к обвинению участников Собора в том, что они противоречат Никейской вере, вводя в Святую Троицу иную природу, тем самым чуть ли не представляя четвёртой ипостаси; попирают правила и каноны отцов церкви; некоторые из присутствовавших в Халкидоне разрушили то, что они же установили в Эфесе, и, созвав новый Собор о вере, подпали под анафему, которой сами же угрожали за такое преступление; извратили учение отцов церкви и приняли послание Льва I Великого; приняли в общение несториан (Иву и др.); различают, согласно несторианскому учению, во Христе две природы, разделённые по своим свойствам, воздавая Христу два поклонения, называя отдельно Богом и отдельно человеком. В дальнейшем эти анафематизмы были использованы монофизитскими богословами Филоксеном Маббугским и Иаковом Барадеем в полемике со сторонниками четвёртого Вселенского собора.