Частыми богослужениями, посещением церквей и монастырей по всей республике Досифей старался оживить церковную жизнь Македонии в условиях атеистической пропаганды. Особое внимание уделял издательской деятельности, учредил несколько периодических изданий: «Православный календарь», газету «Весник: Службен лист на Македонската православна Църква» (с 1958 г.). Под патронатом Досифея продолжалась работа над переводом Библии на македонский язык, издавались литургические и церковно-исторические книги. Для улучшения материального положения МПЦ в 1958 г. в монастыре св. Иоанна Предтечи в Скопье была устроена свечная мастерская. После землетрясения 1963 г. было построено новое здание архиепископской канцелярии, началось строительство кафедрального собора св. Климента Охридского в Скопье. Были построены церкви в ставропигиальном монастыре Пресвятой Богородицы в селе Калиште, обновлены монастыри св. Георгия в Скопье, Матка (в честь Успения Пресвятой Богородицы) и др., построены церкви в новых районах Скопье и других городах. Создано более сорока церквей и общин в США, Канаде, Австралии и других странах, что послужило объединению македонской диаспоры. Как глава МПЦ Досифей посетил многие православные церкви, вместе с Сербским патриархом Германом (Джоричем) побывал в Греции, Болгарии, Румынии. В мае 1962 г. Досифей вместе с Сербским патриархом принимал в гостях Патриарха Московского и всея Руси Алексия I. В день памяти святых Кирилла и Мефодия в церкви Пресвятой Богородицы Каменской в Охриде состоялось их совместное архиерейское богослужение. После отказа СПЦ даровать МПЦ автокефалию Досифей созвал третье Церковно-народное собрание, на котором 17 июля 1967 г. была принята резолюция о возобновлении автокефалии Охридской архиепископии в рамках МПЦ. 18 и 19 июля в церкви Пресвятой Богородицы Перивлепты в Охриде Досифей провозгласил автокефалию Охридской архиепископии и получил титул «архиепископ Охридский и Македонский». Однако СПЦ и другие поместные православные церкви не признали этого статуса, что привело к изоляции МПЦ и прекращению её общения с православным сообществом. Как религиозный руководитель большинства (более 70%) населения Македонии Досифей поддерживал отношения с представителями исламской общины, протестантских и еврейских общин и других религиозных организаций Македонии. Особые отношения были с представителями Римско-католической церкви. По благословению Досифея в 1969 г. впервые делегация МПЦ посетила Рим для поклонения мощам равноапостольного Кирилла. В 1970 г. Досифей посетил Рим во главе делегации по поводу открытия памятника св. Кириллу, установленного в знак благодарности македонского народа. Во время визита состоялись его встречи с Римским папой Павлом VI и рядом высокопоставленных кардиналов Римской курии. Досифей был похоронен 24 мая 1981 г. в церкви св. Димитрия в Скопье при огромном стечении верующих.