В случае согласия архиерея с единогласным заключением консистории архиерей наносил на журналы резолюцию: «Исполнить», а на протоколы – «Утверждается». При наличии разногласия во мнениях членов консистории правящий архиерей мог как утвердить решение большинства, так и предпочесть ему особое мнение меньшинства, при этом в своей резолюции он должен был мотивировать сделанный им выбор. При несогласии архиерея с единогласным заключением консистории или в случае разногласия членов консистории при несогласии как с решением большинства, так и с особым мнением меньшинства правящий архиерей предлагал консистории пересмотреть дело. При этом члены консистории не обязаны были подчиняться заключению архиерея, и имели право повторно вынести прежнее решение по делу. Однако в этом случае правящий архиерей принимал решение по своему усмотрению, и его резолюция приводилась в исполнение, но материалы по делу, вызвавшему разногласие, непременно высылались в Святейший Синод, который и принимал по нему окончательное решение. При вакансии кафедры правящего архиерея духовная консистория принимала решения, которые вносились в журналы за подписью всех членов консистории и приводились в исполнение. Для ускорения исполнения дел правящий архиерей мог допустить исполнение решений консистории без собственного рассмотрения, с тем, однако, чтобы по истечении месяца журналы были предоставлены ему для проверки их правильности. Указы Святейшего Синода высылались в епархию на имя правящего архиерея, который передавал их для исполнения в консисторию. В случае вакансии кафедры правящего архиерея синодальные указы высылались на имя викарного епископа, а при его отсутствии – в духовную консисторию. В отдельных случаях Синод направлял указы в консисторию и при наличии в епархии правящего архиерея. Донесения об исполнении таких указов высылались в Синод за подписью всех членов духовной консистории. В случае кончины, увольнения на покой или перемещения правящего архиерея духовная консистория принимала в своё ведение все средства архиерейского дома и брала на себя ответственность за их расходы до прибытия в епархию нового правящего архиерея. Рутинные дела консисторская канцелярия решала без последующего обсуждения их в присутствии и без утверждения правящим архиереем, – например, канцелярия раздавала по приходам обыскные и метрические книги, составляла перечневые ведомости о монастырях и монашествующих, о приходах и приходских причтах, а также опись имущества архиерейского дома и вносила в неё надлежащие изменения. Присутствие ввиду совершения её членами богослужений не собиралось для заседаний в воскресные и праздничные дни, в первую и последнюю недели, а также во все пятницы Великого поста и в святки. В субботу присутствие могло созываться лишь по крайней необходимости. Духовные консистории прекратили существование в 1918 г., т.к. с изменением государственного строя и отделением церкви от государства часть их полномочий упразднилась, а другая, собственно церковная, перешла к учреждённым поместным Собором Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. новым коллегиальным органам епархиального управления – епархиальным собраниям и епархиальным советам с их канцеляриями.