К первым десяти томам ДАИ-I были изданы именной и географический указатели (СПб., 1875 г.). II. Издание «Дополнения к “Актам историческим, относящимся к России” / Собраны в иностранных архивах и библиотеках и изданы Археографической комиссией» (СПб., 1848 г.; ДАИ-II). ДАИ-II дополняет публикацию скопированных Александром Ивановичем Тургеневым в зарубежных архивах документов по истории России («Historiæ Russiæ Monumenta / Ex antiquis exterarum gentium archivis et bibliothecis deprompta ab A. I. Turgenevio». Petropoli, 1841–1842 гг.; первый том содержит выписки из ватиканских архивов; второй – переписку пап и донесения папских нунциев о России 1584–1718 гг., акты 1557–1671 гг. из английских и французских архивов и библиотек и др.). В ДАИ-II помещены материалы, преимущественно относящиеся к истории православия, католичества и униатства на русских, украинских и белорусских землях и в Прибалтике во второй половине XIII – середине XVIII вв. В основу ДАИ-II положена коллекция, приобретённая в 1844 г. в Италии для императора Николая I графом Сергеем Семёновичем Уваровым при содействии главы папского архива. Коллекция состоит из копий документов, относящихся к миссии Антонио Поссевино 1581–1582 гг., в издании эта подборка дополнена материалами об А. Поссевино из Эрмитажной и Публичной библиотек Санкт-Петербурга. В ДАИ-II вошли также документы, найденные сотрудниками Археографической комиссии в архивах Торуня, Висмара, Бремена, Гамбурга, Кёнигсберга, в библиотеке графов Делагарди, часть материалов была предоставлена славистами Вацлавом-Александром Мацеёвским (Варшава) и Денисом Ивановичем Зубрицким (Львов). Среди источников по церковной истории, представленных в ДАИ-II, – булла папы Климента IV цистерцианскому, премонстрантскому, доминиканскому и миноритскому орденам о подготовке Крестового похода против язычников в Ливонии, Курляндии и Пруссии (17 апреля 1265 г.); грамота маркграфа Людвига Бранденбургского о посредничестве между Тевтонским орденом и польским королём Казимиром III Великим с условием организации совместного похода против русских «схизматиков» (православных) и язычников-литовцев (1343 г.); булла папы Урбана VI генеральному магистру ордена доминиканцев о предоставлении последнему права определять трёх инквизиторов в Армении, Грузии, Греции (Византии), Золотой Орде, Валахии и на Руси (1381 г.) и др.