В Закавказье была перенесена система управления, существовавшая на Молочных Водах, но вместо «доверенных» появились атаманы, охрана вождей состояла из «казачков». Духоборы, имея много надельной государственной и арендной земли, выращивали ячмень, занимались скотоводством, извозом, разбогатели на подвозе фуража и боеприпасов в армию. Власти Тифлисской губернии благоволили к исправно платившим повинности духоборам. В 1864 г., после смерти бездетного Петра Калмыкова, власть в секте перешла к его жене – Лукерье Калмыковой (1841–1886 гг.), которая пыталась поддерживать порядок, не стесняясь применять телесные наказания. После её смерти власть попытался захватить её фаворит Пётр Васильевич Веригин (1858 или 1859 – 1924 гг.). Духоборы разделились на его сторонников - «большую партию» и противников – «малую партию»; последнюю поддержали закавказские власти. В 1887 г. по жалобе «малой партии» П.В. Веригин и с ним пять «старичков» были арестованы и сосланы в Архангельскую губернию, затем П.В. Веригин был переведён в Тобольскую губернию. После этого антиправительственные настроения в «большой партии» особенно усилились. Этим воспользовались последователи Льва Николаевича Толстого, интерес которых к духоборам возник в 1880 гг. В 1892 г. толстовцы начали вести пропаганду своих идей среди закавказских духоборов. Эта пропаганда имела успех, поскольку толстовские идеи были восприняты находившимся в ссылке П.В. Веригиным. На рубеже 1893 и 1894 гг. духоборы «большой партии» получили от него ряд «советов»: не служить в армии и не участвовать в убийстве и насилии, не есть мясо и не убивать животных, не гнаться за наживой, не использовать чужой труд, поделиться имуществом с бедными, не курить, не пить, прекратить супружеские отношения и рождение детей. «Советы» были восприняты как новое Евангелие, последовавшие им получили название «постников». Однако вера в «божественность» вождей у части духоборов на Кавказе пошатнулась. Многие, даже признавшие П.В. Веригина вождём, не пошли за ним. Почти половина «большой партии» во главе с Алексеем Воробьёвым не последовала новому учению и образовала «среднюю», или «воробьёвскую», партию. 29 июня 1895 г. по очередному «совету» вождя «постники» в Тифлисской, Елизаветпольской губерниях и в Карсской области в знак протеста против войны и против государства как оплота насилия сожгли всё имевшееся в их домах оружие. За это 4 тыс. «постников» и членов их семей были отправлены на поселение в грузинские и осетинские сёла, около тысячи из них погибли от болезней. Отказавшихся от оружия новобранцев отправляли в штрафные батальоны. В 1896 г. по указу императора Николая II их стали ссылать на 18 лет на поселение в Якутскую область. В 1896 г. по «совету» П.В. Веригина его последователи создали Христианскую общину всемирного братства (ХОВБ). Её члены вместе обрабатывали землю, работали в мастерских, произведённые продукты делили поровну; ссыльные духоборы селились по несколько семей и заводили общие кассы, совместное питание. После преследований, начавшихся со стороны правительства и местных властей, «постники» стали подавать прошения о выезде за границу. В 1898 г. разрешение было получено с условием дачи подписки о невозвращении в Россию, при этом духоборы не были лишены российского гражданства.