Предпринятое в 1920 гг. исследование изданных Л. Уоддингом текстов Иоанна Дунса Скота показало, что многие сочинения были приписаны ему Л. Уоддингом необоснованно, а в ряде аутентичных текстов присутствуют многочисленные позднейшие дополнения и вставки, в том числе содержащие идеи, противоречащие католическому вероучению и известным из аутентичных текстов взглядам Иоанна Дунса Скота. По результатам исследований церковной администрацией было принято решение отложить процедуру беатификации Иоанна Дунса Скота до того времени, когда будет подготовлено критическое издание его сочинений. Задача подготовки такого издания была возложена на учёных из Коллегии св. Бонавентуры в Куаракки, незадолго до этого подготовивших полное критическое издание сочинений Бонавентуры. В 1920–1930 гг. велась подготовительная организационная работа, которой в Куаракки руководил Лонпре. Постепенно францисканским учёным в Куаракки удалось собрать из многих европейских библиотек копии всех значимых рукописей сочинений Иоанна Дунса Скота, которые предполагалось положить в основу критического издания. Примерно в то же время свою концепцию издания критического собрания сочинений Иоанна Дунса Скота предложил К. Балич, первоначально познакомившийся с сочинениями Иоанна Дунса Скота при написании докторской работы по его мариологии. Между Лонпре и К. Баличем возникла полемика по вопросу о том, где и как должно выходить издание, а также о методе подготовки текста и порядке представления отдельных сочинений в издании. Конец этой полемике был положен в 1938 г., когда в Папском университете Антонианум под председательством генерала францисканского ордена состоялось заседание всех привлечённых к подготовке издания учёных и приглашённых экспертов. По итогам заседания поддержку получила концепция К. Балича; было принято решение начать издание сочинений Иоанна Дунса Скота с его главного богословского труда – «Вопросов» по «Сентенциям» («Ordinatio»). Одновременно было решено перенести работу по подготовке издания из Куаракки в Антонианум, где в то время работал и преподавал К. Балич, и образовать специальную Скотистскую комиссию (Comissio Scotistica) во главе с К. Баличем, которая отвечала бы за подготовку критического издания. Комиссия начала работу в день памяти Иоанна Дунса Скота 8 ноября 1938 г. Перед созданной комиссией стояла уникальная по сложности задача: требовалось проанализировать громадное число рукописей, определить их соотношение друг с другом, выявить все разночтения и разработать метод представления критического текста. Для Пролога и первой книги «Ordinatio», которые должны были открыть собрание сочинений Иоанна Дунса Скота, различных рукописей насчитывалось более сотни. В результате кропотливого анализа было выявлено 22 наиболее древние и надёжные рукописи, которые легли в основу издания. Особое место среди них заняла рукопись из библиотеки в Ассизи (обозначена издателями как Codex A), содержащая полный текст «Ordinatio», сопровождаемый многочисленными маргиналиями переписчика, который, как полагают исследователи, вскоре после кончины Иоанна Дунса Скота пытался выявить различные стадии его работы над этим сочинением.