В Париже Иоанн Дунс Скот в качестве бакалавра должен был завершить полный курс лекций по «Сентенциям». Поскольку в 1302–1303 гг. были прочитаны лекции по первой и четвёртой книгам «Сентенций», ему оставалось рассмотреть вторую и третью книги. Исследователи полагают, что в 1304 г. Иоанн Дунс Скот выступал в качестве оппонента на магистерском диспуте Эгидия из Линьи. В 1305 или 1306 г. Иоанн Дунс Скот получил степень магистра теологии. В 1306–1307 гг. он читал лекции в Парижском университете как magister regens, т.е. магистр теологии, имеющий право на преподавание (licentia docendi) и ведущий преподавательскую деятельность. В этой должности он провёл один диспут, в состав которого входили «вопросы на произвольную тему» (quaestiones quodlibetales), – по мнению исследователей, в начале 1307 г. В том же году Иоанну Дунсу Скоту пришлось покинуть Париж. На генеральном капитуле францисканского ордена в Тулузе «преподающим магистром» в Парижский университет на 1307–1308 гг. был назначен Александр из Александрии, а Иоанн Дунс Скот переведён в качестве магистра-лектора в университет Кёльна. Причины этого перевода исследователям неизвестны, они выдвигали несколько различных версий. По одной из них, Иоанн Дунс Скот был направлен в Германию для богословской поддержки борьбы с ересями, по другой – для реорганизации францисканского учебного центра в Кёльне и участия в полемике с сильной школой кёльнских доминиканцев. Исследователи полагают, что в его перемещении сыграли роль и политические мотивы: король Филипп IV укреплял свою власть и готовился к процессу над тамплиерами, поэтому хотел видеть в Парижском университете лишь лояльных ему теологов. К этому добавлялось и то обстоятельство, что Иоанн Дунс Скот отстаивал в Париже учение о Непорочном зачатии Пресвятой Богородицы, которое близкие к королю богословы прямо называли еретическим. На основании косвенных источников, в которых Иоанн Дунс Скот упоминается как «лектор в Кёльне» (lector Coloniae), исследователи предполагают, что он прибыл в Кёльн не позднее 20 февраля 1307 г. В Кёльне Иоанн Дунс Скот преподавал как главный лектор (lector principalis) в конце 1307 и в 1308 гг. Его магистерская деятельность была прервана внезапной кончиной в ноябре 1308 г., об обстоятельствах и причинах которой исследователям ничего не известно. В XIV–XV вв. в среде францисканцев сформировалась легенда о том, что Иоанн Дунс Скот мирно скончался во время молитвенного экстаза. Позднее в кругах противников его учения стали циркулировать слухи о его противоестественной смерти; в частности, утверждалось, что он был погребён заживо, и прибавлялись иные ужасающие подробности, исторически ничем не подтверждённые. Точная дата смерти Иоанна Дунса Скота известна лишь из поздних косвенных источников, однако большинством исследователей признаётся достоверной.