В последующие 20 лет прошло четыре богословских собеседования (1970 г., Бари, Италия; 1973 г., Загорск (ныне Сергиев Посад); 1975 г., Тренто, Италия; 1980 г., Одесса), в ходе которых стороны, базируясь на учении отцов древней неразделённой церкви, пришли к согласию, что поместная церковь представляет собой народ Божий, собранный вокруг епископа, законно рукоположённого в непрерывной апостольской преемственности и сохраняющего кафоличность – целостность церкви, полноту обладания богооткровенной истиной и благодатными средствами, предполагающую общение между поместными церквами. В начале 1990 гг. отношения между РПЦ и Римско-католической церковью осложнились в связи с обострением обстановки на Западной Украине (в том числе в Закарпатье), где легализация греко-католической церкви сопровождалась многочисленными актами насилия в отношении православных. Встречи, проходившие в 1990 г. в Москве, в 1992 и в 1994 гг. в Женеве, были посвящены, в основном, проблемам унии и католической миссии в России, носившей в определённой степени прозелитический характер. Стороны пришли к согласию и определили, что все конфликты на местах должны разрешаться в процессе переговоров, что до сознания верующих важно донести смысл Баламандских соглашений 1993 г., в которых говорится, что «уния не может служить моделью для единства Церквей ни в настоящем, ни в будущем». В Женеве также была достигнута договорённость, что «апостольские администраторы должны консультироваться с православными епископами до претворения в жизнь таких пастырских проектов, как создание католических приходов и других учреждений католической Церкви». В январе 1995 г. на встрече в Москве ещё раз было заявлено, что в решении спорных вопросов о принадлежности храмовых зданий на Западной Украине должно быть исключено любое насилие. Участники встречи высказались против вмешательства светских властей Западной Украины во внутрицерковные проблемы. Переговоры выявили различия в подходах делегаций к целям и задачам католической миссии на территории стран СНГ. Православная позиция состояла в том, что хотя Римско-католическая церковь, как и другие церкви, призвана благовествовать о Христе, однако её миссия должна быть направлена на тех, кто в силу национально-культурных корней принадлежат к католической пастве, а не на людей, имеющих православные корни и тем более крещённых в православной церкви. В январе 1996 г. в Риме основной темой диалога стал непрекращающийся прозелитизм католиков на канонической территории Московского патриархата. В декабре 1996 г. в Москве вновь обсуждалась ситуация на Западной Украине, где сохранялась межконфессиональная напряжённость между общинами Украинской православной церкви Московского патриархата и греко-католиками. Униатской проблеме были посвящены встречи в мае 1997 г. в Бари (Италия), в январе 1998 г. и ноябре 1999 г. в Москве. Православную делегацию на этих собеседованиях с 1990 г. возглавлял митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл (Гундяев), католическую – кардинал Эдуард Кассиди, Председатель совета по содействию христианскому единству. Напряжение в отношениях с Римско-католической церковью усилило решение Ватикана (февраль 2002 г.) о повышении статуса католических апостольских администратур в России до уровня епархий.