В 1904 г. издал «Географию Грузии» Вахушти Багратиони (Батонишвили), также входящую в свод КЦ. Ему принадлежит несколько обширных трудов и многих статей и сочинений, касающихся вопросов истории Грузии и Грузинской церкви. Одним из первых он пересмотрел периодизацию истории феодальной Грузии, используя научную терминологию и приведя её в соответствие с периодизацией современной ему европейской историографии. Историю Грузии до конца X в. Моисей Джанашвили разделил на древний (до Вахтанга Горгасали, V в.) и средний (два этапа: до вторжения арабов и после, до единой Грузии) периоды. Затем начался период истории объединённой страны: от Баграта III до царицы Тамары (XI–XIII вв.). В 1886 г. Моисей Джанашвили выпустил обширный труд «История Грузинской Церкви», впоследствии несколько раз дополненный и переработанный автором (1898, 1899 гг.). В 1884 г. в журнале «Мцкемси» опубликовал серию статей «Распространение христианства в Грузии», в 1899 г. выпустил исследование истории грузинских монастырей Палестины и Синая. В 1894 г. вышел труд об истории Абхазии, в 1911–1913 гг. – о Саингило. Моисей Джанашвили написал «Историю Осетии», оставшуюся неизданной, несколько трудов посвятил отдельным историческим и церковным грузинским деятелям: католикосу-патриарху Восточной Грузии Антонию II (Багратиони; 1885 г.), Парсадану Горгиджанидзе (1896 г.), царице Тамаре (1900, 1917, 1923 гг.), современнику Моисея Джанашвили, первому католикосу-патриарху Грузинской церкви после восстановления автокефалии Кириону III (Садзаглишвили; 1917 г.). Описал многие архитектурные памятники: Цроми (1882 г.), Лагодехи, Метехи, грузинские церкви Чечни (1884 г.), Анчисхати (Дроеба. 1889 г.), Вардзиа (1891 г.), Эртацминду (1913 г.), Тбети (Сахалхо газети. 1913 г.) и др. В 1894 г. Московское археологическое общество избрало его членом-корреспондентом. Из многочисленных трудов Моисея Джанашвили археологического характера исследователи особенно выделяют сочинение «Мир Крито-Микен и грузины» (рукопись, 1912 г.). Он много работал над прочтением надписей Урарту. Несколько его сочинений посвящены грузинскому фольклору. Моисей Джанашвили затронул темы поверий и сказаний Картли (1893 г.), Кахети (1901 г.), Саингило (1903 г.), грузинского эпоса об Амиране (1903 г.) и др. Особое внимание уделял изучению грузинских рукописей Библии и её перевода на грузинский язык. Ему принадлежат исследования рукописей Псалтири, Метехского и Урбнисского Четвероевангелий, Апостола. О грузинских переводах Библии опубликовал статьи в газетах «Сахалхо газети» («Народная газета»; 1910 г.), «Чвени дроеба» («Наши времена»; 1912 г.).