Конечная цель существования мира, по манихейству, – разделение смешанной субстанции на два исходных элемента, светлый и тёмный, и полное восстановление первоначального дуализма. Из этого учения выводятся все виды дуализма, в том числе дуализма души. Кроме светлой половины в человеке может обитать «злой разум» – тёмная часть души, порождение злого начала, призванное препятствовать освобождению души от материи. В более позднее время, включая Средние века, дуализм проявлялся в ряде так называемых дуалистических ересей, у присциллиан (с IV в.), у павликиан (появились в VII в. в Армении), у богомилов (с конца Х в. в Болгарии, у патаренов (с XI в. в Италии, у катаров и альбигойцев (в XII–XIII вв. в Западной Европе) и др. Мировоззрение этих многочисленных ересей основывалось на дуализме разной степени интенсивности. Дуализм богомилов не первичен: они верили в единого изначального Бога. Но дуализм проявляется в учении о двух его порождениях: это два бога – благой и злой. Старший бог, злой, отождествляется с сатаной, который является владыкой видимого мира и творцом всего телесного. Отсюда следует дуализм тела и души, аскетическое учение. В эсхатологическом будущем, по воззрениям богомилов, зло исчезнет, и дуалистический антагонизм таким образом будет снят. Катары проповедовали первичный онтологический и этический дуализм: признавали зло как самостоятельную субстанцию, двух богов – благого и злого, причём последнему приписывали творение материи. Историческим книгам Ветхого Завета они противопоставляли Новый Завет и некоторые другие ветхозаветные книги. Из радикального онтологического и этического дуализма проистекает крайний аскетизм катаров. Дуалистические элементы прослеживаются и в ряде христианских ересей более позднего времени. Первое употребление термина «дуализм» применительно к философским концепциям принадлежит немецкому философу и учёному-энциклопедисту Христиану Вольфу (1679–1754 гг.), который в сочинении «Рациональная психология» («Psychologia rationalis», 1734 г.) писал: «Дуалисты – это те, кто допускает существование как материальных, так и нематериальных субстанций». Сходную трактовку термина «дуализм» предлагал Мозес Мендельсон (1729–1786 гг.): по его словам, дуалист полагает, «что существуют как телесные, так и духовные субстанции». Такая точка зрения оказывается теснейшим образом связанной с имеющим весьма древние корни религиозно-онтологическим дуализмом, в рамках которого противопоставляются духовный и материальный первопринципы бытия. Вместе с тем начиная с Нового времени, эта проблематика разрабатывалась различными мыслителями вне прямой связи с религиозными идеями; подобная тенденция сохраняется и в современной философии. В этом смысле исследователи говорят об особой форме дуализма – секулярно-философском метафизическом дуализме, частным случаем которого является начинающийся с Рене Декарта и широко обсуждаемый вплоть до настоящего времени антропологический дуализм (учение о душе и теле человека как о двух самостоятельных реалиях).