В качестве примеров опасного усиления церковной власти приводятся указания на византийскую историю, историю папства и подобные «у нас бывшие замахи». Учреждённый же царём Синод сравнивается с соборной практикой прошлого, с «соборным духовным правительством». Выражается уверенность, что он станет «школой правления духовного», школой будущих архиереев, благодаря которой «скоро от духовного чина грубость отпадёт». Всё же архиепископ Феофан не сумел найти убедительного канонического оправдания отмены патриаршества и замены его Синодом, его аргументы не выдержали критики с канонической точки зрения. Во второй части определяется круг полномочий Синода, связанных с общецерковными проблемами и церковным управлением. Признавалось необходимым активно бороться с суевериями, тщательно проверять на предмет соответствия христианскому учению бытующие молитвы, акафисты, издаваемую церковную литературу, осуществлять духовную цензуру, проверять известия об обретении мощей, о чудесах, происходящих от икон, и т.п. Требовалось упорядочить правила церковной службы, в частности, не допускать двоегласия и многогласия. Для просвещения народа предписывалось составить три книги: с изложением главных христианских догматов и десяти заповедей; «о собственных всякого чина должностях»; сборник высказываний св. отцов о грехах, добродетелях и т.д. Эти книги следовало распространить и читать в церквах прихожанам в воскресные и праздничные дни. Далее формулировались обязанности епископов. Архиереи должны были знать правила Вселенских и Поместных соборов. От них требовалось не реже чем раз в два года объезжать свою епархию, долгое отсутствие в епархии осуждалось. При невозможности управлять епархией следовало назначить несколько человек из духовенства для ведения дел. В случае возникновения вопросов по управлению нужно было сноситься с архиереями из соседних епархий, а затем с Синодом. Епископы должны были следить за поведением духовенства своей епархии, вершить духовный суд, в том числе над мирянами, при этом объявлять анафему они могли только с разрешения Синода. Суд Синода – высшая судебная инстанция, куда, в частности, следовало направлять жалобы на епископов. Архиерей должен был два раза в год посылать в Синод рапорты о положении дел в епархии. В «Духовном регламенте» есть пункты, запрещающие оказывать излишние почести архиереям (водить их под руки, кланяться им в землю). Ещё большей критике подвергаются архиерейские слуги, за которыми нужно следить, чтобы при посещении городов и монастырей они «благочинно и трезво пребывали и не творили б соблазна». Во второй части также приводится подробная программа создания духовных училищ. На первое место ставилась проблема отбора учителей. Согласно «Духовному регламенту», училища должны были быть закрытыми учреждениями монастырского типа во главе с ректором и префектом, содержаться на средства архиерейских домов и сборы с церковных и монастырских земель. При училищах открывались общежития («семинарии») с церквами, библиотеки.