Внутри ограды находились поварня, квасоварня, солодовня, сушило, амбары, кузница, две бани. Сады с яблонями и вишнями дополняли живописный облик монастыря. За пределами рублённой ограды с шестью башнями располагался комплекс хозяйственных строений: конюшенный и коровий дворы, гумно с ригой, амбар, две ветряные мельницы «российского строения», т.е. столбовки, в которых клеть с мельничным устройством вращалась вокруг столба. Перестройки конца XVIII–XIX в. были не столь существенными, чтобы кардинально изменить архитектурный облик монастырского ансамбля первой половины XVIII в. В 1797 г. вместо деревянной была построена каменная ограда с четырьмя угловыми башнями и тремя воротами (деревянная надвратная церковь разобрана). В 1919 г. из Деревяницкого монастыря были изъяты денежные средства, недвижимое имущество и сельхозинвентарь. В 1920 г. монастырь был упразднён, 14 монахинь и рясофорных послушниц организовали сельхозартель. Храмы передали в бесплатное пользование коллективу верующих Деревяницкой слободы и села Погорелец. В других помещениях разместилась детская сельскохозяйственная колония им. Карла Либкнехта (позднее им. Михаила Ивановича Калинина), в которой содержались около 300 воспитанников. К 1931 г. артель была упразднена, храмы закрыты, на территории монастыря устроен военный городок. При закрытии храмов заведующий Новгородским музеем Николай Григорьевич Порфиридов сохранил для экспозиции наиболее ценные иконы и изделия прикладного искусства: два потира (XVIII в.), ложчатое кадило, дарохранительницу и потир иностранной работы. Другие конфискованные предметы были отправлены в хозяйственный отдел ОГПУ Москвы или в металлолом. В годы Великой Отечественной войны после оккупации Новгорода на северо-восточной главе Воскресенского собора фашисты устроили наблюдательный пункт. В ходе боевых действий храмы Деревяницкого монастыря получили серьёзные повреждения, были уничтожены покрытия, в стенах образовались многочисленные трещины, снарядами повреждены центральный свод и стены собора. В 1964–1973 гг. НСНРПМ произвела в памятниках комплекс научно-исследовательских, проектных и восстановительно-реставрационных работ. К началу 2007 г. храмы арендуются заводом «Стекловолокно», который размещается в непосредственной близости от них. Успенская церковь закрыта, в Воскресенском соборе находится склад. Опись Новгорода 1617 г. в числе сохранившихся упоминает 46 рукописных книг на бумаге и 14 пергаменных рукописей. В 1899 г. в Архангельской области археографическая экспедиция Институт русской литературы (Пушкинский дом) обнаружила список Устава Иерусалимского 1498 г. из Деревяницкого монастыря. Из Деревяницкого монастыря происходит Евангелие апракос второй половины XIV в.